В виду жесткого обострения обстановки 15 января 1990 года Президиум Верховного Совета СССР принял решение «Об объявлении чрезвычайного положения в Нагорно-Карабахской автономной области и некоторых других районах». Первыми в зону выполнения «специальных задач» были направлены силы ВДВ. До 19 января 1990 года на аэродром под Баку посадочным способом были десантированы части 106-й, 76-й гв вдд, 56-й, 38-й одшбр и 217-го гв пдп. В Ереване высадились 98-я гв вдд (без 217-го полка), а в НКАО вошла 39-я одшбр.
В ночь с 19 на 20 января 1990 года десантники вошли в Баку и взяли под охрану административные и экономические объекты. Мобильные подразделения ВДВ начали борьбу с группами боевиков, вели разведку их штабов и мест сосредоточения. 24 января от бандитов был очищен морской вокзал и аэропорт. В боевых столкновениях ВДВ потеряли убитыми 38 человек. К апрелю 1990 года ВДВ провели в НКАО 164 специальные операции.
В феврале 1990 года обострилась ситуация в Таджикистане. 14 февраля 1990 года в Душанбе был переброшен из Еревана 299-й гв пдп 98-й гв вдд и ряд частей МВД. После появления войск беспорядки прекратились.
В июне 1990 года межнациональный конфликт вспыхнул в Киргизии. Погромы и поджоги начались в Оше, Узгене, Кара-Суу. Выяснение отношений между узбеками и киргизами проходило с особой жестокостью – людей закапывали живьем. Масштабы резни разрастались и перекинулись на Андижан, Джалал-Абад, Фрунзе. В зону конфликта в течение 6–8 июня 1990 года были переброшены 387-й опдп, 56-я одшбр, ряд частей 76-й и 106-й гв вдд. На начальном этапе были взяты под охрану объекты государственного управления.
В конце 1989 – начале 1990 года 103-я гв вдд была передана в Пограничные Войска КГБ СССР и выдвинута на Советско-Иранскую границу. 350-й гв пдп принимал участие в разблокировке пограничной заставы, в бою потерял одного человека убитым, и несколько было ранено. Даже название для дивизии придумали: 103-я гвардейская воздушно-десантная дивизия Пограничных Войск! Десантники 103-й гв вдд ни в какую не хотели «менять цвет» и упорно игнорировали высшее руководство, когда оно пыталось с ними поздороваться «Здравствуйте товарищи пограничники!», в ответ дивизия сохраняла гробовую тишину.
Для оперативного решения задач по разрешению межнациональных конфликтов командованием ВДВ и ГШ было принято решение заново сформировать 105-ю гв вдд. В частности в состав дивизии планировалось ввести 387-й пдп, 35-ю и 57-ю одшбр. Однако этого не произошло – Советский Союз разваливался на глазах, в связи с чем, появилась масса других проблем, и уже было не до 105-й дивизии.
Для подавления беспорядков так же привлекались и подразделения Спецназа ГРУ. Еще в августе 1988 года 22-я обрСпН была выведена из Афганистана в город Перекишкюль Азербайджанской ССР. И уже 23 ноября 1988 года 173-й отряд бригады был привлечен для выполнения задач по наведению конституционного порядка в городе Баку. В Баку отряд расположился в Кировском районе города, в месте компактного проживания армян. 173-й отряд нес особую нагрузку по предотвращению актов насилия и грабежей, направленных против армян. В период с апреля по июнь 1990 года и с мая по июль 1991 года отряд принимал участие в урегулировании конфликта в нагорном Карабахе. Группы отряда действуя на территории Армении в районе н. п. Наямберян и Шавар Шаван уничтожили 19 градобойных орудий, которые обстреливали населенные пункты Азербайджана. В июне 1992 года отряд вместе с бригадой был перебазирован в поселок Ковалевка Аксайского района Ростовской области.
6 ноября 1992 года 173-й отряд был привлечен для урегулирования осетино-ингушского конфликта. На его начальном этапе разведгруппы отряда вели разведку мест дислокации незаконных вооруженных формирований чеченских и ингушских боевиков на территории Северной Осетии и Ингушетии. В дальнейшем на отряд была возложена задача по охране временной администрации, сопровождение грузов гуманитарной помощи, а так же по эвакуации мирного населения из районов конфликта. В августе 1994 года 173-й отряд вернулся в пункт постоянной дислокации.
Весной и летом 1994 года в Северной Осетии и Ингушетии действовало несколько групп специального назначения по поиску и уничтожению орудий градобойной артиллерии. В частности к этим действиям привлекался личный состав 771-й, 793-й и 800-й орСпН, 173-го ооСпН.
24 января 1990 года в Ереван из Белоруссии на 22 самолетах Ил-76 прибыл сводный отряд 5-й обрСпН в количестве 805 человек (фактически вся бригада). Командовал сводным отрядом командир бригады полковник В. Бородач. Отряд дислоцировался в городке полка связи и выполнил несколько заданий командования. Отряд провел несколько демонстрационных действий, после которых у бандитов отпало желание проверять разведчиков в реальном бою. 3 марта 1990 года сводный отряд без потерь вернулся в Марьину Горку.
