В 1916 году, после завершения учебы в семинарии, Михаил поступил в Санкт-Петербургскую духовную академию. Грянули сначала Февральская, а потом Октябрьская революции. В 1918 году академия была закрыта. Михаил успел закончить только два курса. Тогда будущий священник вернулся на родину, в Устюжну, и некоторое время работал делопроизводителем Устюженского и Залесского лесничеств. В 1919 году епископ Алексий (Симанский) вызвал Михаила в Новгород, где он был рукоположен сначала во диакона, а спустя непродолжительное время, и во иерея. Отец Михаил стал священником в Покровской церкви г. Устюжны, где когда-то нес службу его приемный отец иерей Павел Остряков. В этом храме отец Михаил прослужил без малого 22 года.
В 1922 году батюшка был назначен благочинным Устюжен-ского округа, в это сложное время он проявил себя стойким борцом против обновленчества и антицерковной пропаганды. Возрастающий авторитет отца Михаила стал беспокоить местные власти, и они начали ему угрожать, различными репрессивными мерами принуждали снять сан священника. Не выдержав преследований, жена оставила батюшку, но сам он остался верен христианским обетам. Органами ОГПУ15 мая 1932 года он был арестован и осужден по статьям 58–10 и 58–11 «за контрреволюционную пропаганду». Решением выездной сессии коллегии ОГПУ от 14 сентября 1932 года отец Михаил был приговорен к заключению в концлагерь сроком на три года, но вскоре по просьбе верующих он возвратился к месту своего служения.
Все довоенные годы отца Михаила постоянно подстерегала угроза ареста. Поэтому прихожане, горячо любившие своего батюшку, прятали его в Устюжне в подвалах домов, в родной деревне Хотыль и даже в лесу. В 1941 году Покровская церковь была закрыта, а ее настоятель в очередной раз арестован. Отца Михаила отправили в Шексну, на лесосплав. Прихожане собирали передачи для любимого батюшки со всего города. На свидания к заключенным допускались только родственники. Ольга Алексеевна Девяткина, которой приходилось выдавать себя за сестру заключенного настоятеля (имела одинаковое отчество), ходила к нему в Шексну из Устюжны пешком, так как денег на проезд не было.
