Определенные трудности представляло включение в состав блока Аргентины, которая до последнего времени оставалась верна дружбе с державами «оси». Незадолго до конференции Рузвельт и другие официальные лица порицали в своих выступлениях Аргентину за профашистскую политику. Однако Рокфеллер сумел добиться пересмотра позиции США: военно-политический блок был составлен при участии Аргентины. Действия Нельсона и, в частности, допущенные им антисоветские высказывания вызвали недовольство других участников американской делегации, а также ее официального руководителя Стеттиниуса, прибывшего с запозданием из Ялты и поставленного в ряде вопросов перед совершившимися фактами. По словам Десмонда, государственный секретарь вынужден был «пойти по пути, которого сам никогда не одобрил бы».
В те дни у всех перед глазами был героический подвиг Советской Армии, остановившей продвижение фашистских орд. Впоследствии Стеттиниус писал: «Это — человеческая слабость забывать так скоро обстоятельства прошлых событий. Американский народ должен помнить, что он был на грани несчастья в 1942 г. Если бы Советский Союз не удержал свой фронт, немцы были бы в состоянии завоевать Великобританию, они бы могли также овладеть Африкой и создать плацдарм в Латинской Америке». Весной 1945 г. это еще хорошо помнили. А потому и члены американской делегации в Чапультепеке возражали против принятия каких-либо решений, которые могли послужить оскорблением совместной борьбе против фашизма. Но уже подняли голову антисоветские силы. Они спешно готовили пересмотр американской политики, и Рокфеллер был в авангарде этих сил. Занятая им позиция на конференции и принятые в Мексике решения звучали таким диссонансом декларациям о послевоенном сотрудничестве между участниками антифашистской коалиции, что в американской прессе появились критические высказывания, а в конгрессе было назначено специальное расследование. Нельсона прямо обвиняли в том, что он вел «профашистскую» и «антисоветскую» линию.
Таким образом, в результате принятых по инициативе Рокфеллера решений в Чапультепеке будущая Организация Объединенных Наций была поставлена перед реальной перспективой раскола. Это был удар по предстоящей конференции в Сан-Франциско. И в Соединенных Штатах настолько ясно отдавали себе в этом отчет, что решили не включать Нельсона в состав американской делегации. Однако события складывались явно не в пользу противников Рокфеллера. 12 апреля 1945 г. скончался Рузвельт, и президентом стал Гарри Трумэн. Он заявил, что продолжит прежний курс, а на деле сразу же взялся за ревизию политики покойного президента. Решение о том, что Рокфеллер не войдет в состав американской делегации на конференции ООН, осталось в силе, но в Сан-Франциско он поехал. Ему поручалось управлять голосами латиноамериканских стран. Зафрахтовав и на этот раз специальный самолет для делегатов Латинской Америки, Рокфеллер вместе с ними прибыл к месту действия. Он присутствовал не только на конференции, но даже на заседаниях министров иностранных дел. Впоследствии сенатор Т. Конноли, участник делегации США на конференции ООН, вспоминал: «В затруднительных случаях мы ему несколько раз говорили: „Давай, выстраивай своих латиноамериканцев!“». И Рокфеллер выстраивал их. Так было положено начало механическому большинству голосов в ООН, ставшему традиционным средством антисоветской политики США в этой организации.
На конференции в Сан-Франциско Нельсон выступал как неофициальный эксперт по латиноамериканским вопросам. «Я никогда не сознавал до этого, как важна его работа — держать при нас наших „добрых соседей“, и я не знаю, кто бы мог это сделать лучше него», — отмечал в своих записках участник конференции, сенатор США А. Ванденберг. Но Нельсона интересовал более широкий круг проблем, чем одна Латинская Америка. По свидетельству биографа его отца и одного из ближайших сотрудников Р. Б. Фоздика, Рокфеллеры проявляли «глубочайший интерес» к судьбам будущей международной организации еще со времен первой учредительной конференции в Думбартон-Оксе. Теперь, в Сан-Франциско, в развитие Чапультепекской резолюции делегация США при организованной Нельсоном поддержке латиноамериканских представителей добилась принятия в ООН Аргентины. Кроме того, Рокфеллер внимательно наблюдал за переговорами об Уставе ООН, настояв на включении в устав статьи о региональных блоках. Он мотивировал это опять-таки необходимостью поддержать решения конференции в Чапультепеке, но в действительности преследовал гораздо более далеко идущие цели.
