Реакция травила Дюбуа поистине иезуитскими методами: судебное преследование началось в канун его восьмидесятитрехлетия, когда вся прогрессивная Америка готовилась торжественно чествовать выдающегося ученого и общественного деятеля. На 23 февраля 1951 года, день рождения Дюбуа, был назначен и, несмотря на все трудности, состоялся торжественный обед с целью сбора средств для обеспечения его научной и общественной деятельности. Более двухсот видных деятелей, среди них такие люди с мировыми именами, как Альберт Эйнштейн, Лион Фейхтвангер, Томас Манн и другие, обратились к американской общественности с призывом поддержать эту инициативу. «Нам, — заявляли они, — представляется редкая возможность выразить на деле свое уважение этому выдающемуся человеку, ученому и мыслителю, обеспечив ему возможность продолжать свои исследования, заниматься писательским трудом и печататься. Его бесценная библиотека должна остаться в целости и сохранности. Его уникальная коллекция, насчитывающая десятки тысяч писем и рукописей, должна быть приведена в порядок и опубликована И самое главное, основные работы д-ра У. Э. Б. Дюбуа, давно распроданные, необходимо сделать доступными публике путем издания собрания его сочинений».
И вот в самый разгар подготовки к торжествам, связанным с восьмидесятитрехлетием Дюбуа, началось судебное преследование престарелого профессора. Суд был назначен на 8 ноября 1951 года. Дюбуа получил теперь возможность лично убедиться, как дорого стоит в США попытка доказать свою невиновность. Известный адвокат, согласившийся защищать Дюбуа, запросил чудовищный для престарелого профессора гонорар — двадцать пять тысяч долларов. Более умеренное вознаграждение запросил другой известный адвокат, но после первой же беседы с прокурором он неожиданно взял свое предложение назад.
В конце концов вопрос с гонораром за выступление защитника отпал, так как правительственный адвокат отказался от вознаграждения за свои услуги. И, несмотря на это, судебные издержки составили огромную сумму — тридцать пять тысяч сто пятьдесят долларов. Такова оказалась чудовищно высокая цена правосудия в США. Дюбуа, живший на скромную пенсию и редкие литературные гонорары, был не в состоянии покрыть эти большие судебные издержки. В июне 1951 года восьмидесятитрехлетний профессор отправился в турне по стране, чтобы выступить с лекциями, рассказать о судебном преследовании, которому подверглись он и его четыре товарища, работавшие в Информационном центре, и собрать средства для покрытия судебных расходов.
Вместе с Дюбуа в это турне отправилась его новая жена Ширли Грэхем. Дюбуа овдовел в феврале 1950 года. Пятьдесят три года прожил он со своей женой Ниной Гомер, которую он похоронил на холмах Новой Англии рядом с их первенцем, трагически погибшим еще в детском возрасте. Дюбуа писал, что редкостная красота и прекрасное домашнее воспитание Нины Гомер привлекали и привязывали его к ней и все же это не был абсолютно идеальный брак. Их супружеский союз страдал основным недостатком многих современных американских семей— разницей в целях и стремлениях супругов. Дюбуа писал, что жена и дети всегда находились в стороне от главной цели его жизни. Воспитание детей и бесконечные семейные заботы поглощали все время жены Дюбуа. Еще больше их разобщила смерть сына, погибшего в результате несчастного случая. Когда позднее у супругов Дюбуа родился еще один ребенок, девочка, Нина Гомер-Дюбуа еще больше замкнулась в кругу своих семейных дел.
Уильям Дюбуа очень тяжело переживал гибель сына. Это было несчастье, от которого он в полной мере так никогда и не оправился. Исключительно теплые, проникновенные слова посвятил Дюбуа своему безвременно погибшему сыну. «Окружающие, — писал Дюбуа, — любили его; женщины целовали его локоны, мужчины серьезно всматривались в его удивительные глаза, а другие дети всегда вертелись вокруг него. Он и сейчас точно стоит передо мной, поминутно меняющийся, как небо, — то заливается искристым смехом, то мрачнеет и хмурится, то удивленно и задумчиво глядит на мир. Он не знал расовых различий, милый мой мальчик… в его детском мирке царили только одни бесплотные души. Я — да, пожалуй, и все другие люди — становился возвышеннее и чище, познав бесконечную глубину этой маленькой жизни…
Ясным было утро и день его похорон; птицы пели и цветы благоухали. Деревья перешептывались с травой, но дети сидели притихшие, с печальными лицами. И все же этот день казался мне каким-то обманчивым, нереальным — бледным призраком жизни. Казалось, мы бредем за белой горкой букетов по какой-то незнакомой улице и слышим отзвук какой-то далекой песни. Вокруг нас шумел деловой город; белолицые люди, торопливо проходившие мимо, почти не обращали на нас внимания, разве только, едва взглянув, кто-нибудь произносил сквозь зубы: «Черномазые».