В Германии Мохаммед получил степень по электротехнике и собирался работать в сфере телекоммуникаций и компьютерных компаниях. Но он прервал обучение, чтобы принять участие в деле, которое объединило молодых людей со всего мира: восстание против коммунистического правительства в Афганистане. В те дни подобная деятельность не была запрещена или ограничена, и молодые люди вроде Мохаммеда съезжались из самых разных стран. А Запад и, в частности, США активно это поддерживали. Чтобы присоединиться к борьбе, нужно было пройти обучение, поэтому в начале 1991 года Мохаммед посещал тренировочный лагерь Аль-Фарук неподалеку от Хоста в течение семи недель, после чего поклялся в верности «Аль-Каиде», которая управляла лагерем. Его научили пользоваться минометами и легким стрелковым оружием — по большей части тем, что было произведено в Советском Союзе. Позже, на слушании в 2004 году, Мохаммед вспоминал, что, в отличие от самих минометов, снаряды к ним были произведены в США.
Пройдя тренировку, Мохаммед вернулся к обучению, но в начале 1992 года, когда коммунистическое правительство было на грани краха, он вновь приехал в Афганистан. Он присоединился к подразделению, которым командовал Джалалуддин Хаккани. Они осаждали город Гардез, который, не оказав серьезного сопротивления, сдался через три недели после прибытия Мохаммеда. Кабул пал вслед за Гардезом, и, как Мохаммед объяснил на слушании комиссии, дело быстро стало мутным:
Это, как всегда настаивал Мохаммед, означало конец его работы с «Аль-Каидой». Как он сказал председателю трибунала на слушании:
В Германии Мохаммед устроился так, как этого хотели он и его семья в Нуакшоте. Он получил степень в университете Дуйсбурга, его молодая жена переехала к нему из Мавритании, пара жила и работала в Дуйсбурге почти все 1990-е годы. В те годы он поддерживал дружеские отношения со своими товарищами из Афганистана. Некоторые из них были тесно связаны с «Аль-Каидой». Еще он был близок с знаменитым членом «Аль-Каиды» Мафхоузом ульд Аль-Валидом, также известном, как Абу Хафс Аль-Мавритани — членом совета (Шуры) «Аль-Каиды» и одним из религиозных советников Усамы бен Ладена. Абу Хафс — дальний родственник Мохаммеда и к тому же приходится ему шурином, потому что женат на сестре жены Мохаммеда. Они разговаривали по телефону, когда Мохаммед находился в Германии. На звонок от Абу Хафса с телефона бен Ладена обратила внимание немецкая разведка в 1999 году. Еще Мохаммед дважды помогал Абу Хафсу перевести 4000 долларов его семье в Мавританию во время Рамадана.