Этот вечерний арест был таким нереальным, что страх пришел позднее. Александр Аллилуев вспоминал, что его брат Сергей лежал в постели и, затаив дыхание, слушал, не остановился ли лифт на их площадке. Шум или шорох на лестнице заставлял его вздрагивать. Несколько недель спустя около шести вечера лифт остановился. Кира была у них дома и, конечно, агенты НКГБ об этом знали. Она сидела и читала «Войну и мир». Когда она открыла дверь, на пороге стояли те же военные. Братья встали за спиной Киры, словно пытаясь защитить ее. Агенты зачитали ей постановление об аресте, и бабушка заплакала. «Бабушка, не унижайся, не плачь, ты не должна», — это были последние слова Киры.
Внизу ждала машина. Пока они ехали через Москву, Кира смотрела, как мимо нее бегут улицы вечернего города, и понимала, что больше никогда его не увидит. В пути в машине царила мертвая тишина, которую нарушил только лязг ворот Лубянской тюрьмы, когда машина въехала во двор. Кира держалась, пока у нее не отобрали все вещи и не заперли в камеру. Тогда она заплакала.
Ее обвиняли в распространении слухов о самоубийстве Нади. Кира была ошарашена. Она даже не знала о том, что Надя покончила с собой. Она всегда верила в историю с аппендицитом. «В моей семье никогда не болтали больше, чем необходимо. Не пересказывали никаких слухов… Им просто нужно было меня в чем-то обвинить, вот они и предъявили мне это. По их мнению, я болтала со всеми обо всем подряд».
Киру полгода держали в одиночной камере. Ее спасением стали воспоминания. Ей была жизненно необходима спасительная мысль о том, что за стенами этого сумасшедшего дома существует нормальная жизнь. Она вспоминала фильмы и спектакли, которые видела. Ей разрешили читать. Она мерила шагами свою камеру, спрашивая себя, что же она сделала. Вначале она была хорошей пионеркой, потом — комсомолкой. Она не могла понять. Должно быть, это Берия, который всегда имел зуб на их семью.
Кире советовали писать Сталину, но она не стала. Уж лучше было не напоминать вождю о своем существовании. Но у нее в голове, как и у большинства людей того времени, живущих в атмосфере страха, так все перепуталось, что она пыталась найти рациональное и даже справедливое зерно в действиях Сталина. Ее брат Александр объяснял это так:
Второй муж Жени Н.М. Молочников, инженер по образованию и еврей по происхождению, тоже вскоре был арестован. Когда сыновья Жени спросили, что им говорить об отсутствии отца и матери, агент НКГБ проинструктировал их:
— Отвечайте, что они отправились в длительное путешествие.
— Но сколько оно продлится?
— До особого распоряжения.
Таким же образом были арестованы многие друзья Киры.
28 января 1948 года пришли за тетей Светланы Анной, старшей сестрой Нади и вдовой Станислава Реденса. Все в доме спали. Полковник, которого сопровождали еще несколько агентов, постучал в дверь в три часа ночи. Они показали Анне предписание об аресте. Когда ее уводили, Анна сказала: «Какое странное множество несчастий обрушилось на нашу семью, на Аллилуевых». Дети сидели вместе со своей няней, пока в квартире шел обыск. По их воспоминаниям он продолжался целые сутки.