Осада Иерусалима завершилась компромиссом: осаждающих постигла какая-то эпидемия, и Синаххериб отступил, добившись от царя Иудеи признания ассирийского владычества, выплаты колоссальной дани и выдачи заложников. В Вавилонию тем временем вновь вторгся Мардукапалиддин. В 700 г. до н. э. Синаххериб снова разбил вавилонян и посадил на вавилонский трон своего старшего сына. Мардукапалиддин бежал и укрылся на одном из островков Персидского залива, принадлежащих Эламу. Для его преследования «за морем» Синаххериб выстроил на специально устроенных верфях две эскадры; строительство вели мобилизованные Синаххерибом финикийские мастера. Эти эскадры совершили карательный рейд на эламские острова и берег Персидского залива (Мардукапалиддин к появлению ассирийского царя уже умер). Тем не менее в 693 г. до н. э. Вавилония вновь отложилась от Ассирии при эламской поддержке. По итогам грандиозной битвы при Халуле на Тигре севернее Вавилона (691 г. до н. э.) Синаххериб в своей надписи объявил себя победителем, а для врагов не пожалел самой площадной солдатской брани, однако в Вавилонии эту битву тоже считали своей победой. Наконец, воспользовавшись смутами в Эламе, Синаххериб в 689 г. до н. э. вновь двинулся на Вавилон, взял город и решился навсегда ликвидировать «вавилонский вопрос» вместе с самим ненавистным городом. Депортировав уцелевших жителей, он разрушил город до основания и пустил на его место речные воды по специально проложенному каналу. Официально было объявлено, что сами боги Вавилона прогневались на него за грехи его обитателей и решили его покинуть. Территория Вавилонии была обращена в провинцию. Последние годы Синаххериб провел в Ниневии, превращенной им в новую административную столицу (она оставалась престольным городом и при его преемниках).
По-видимому, уничтожение Вавилона ужаснуло значительную часть самой ассирийской знати, прежде всего верхушку автономных коренных городов, включая Ашшур и его жречество. В 681 г. Синаххериб был убит в храме своими же старшими сыновьями.
Его младший сын и преемник Асархаддон (Ашшурахиддина, 681/680— 669 гг. до н. э.) прослыл у современных ученых, по впечатлению от его приниженных и исполненных страха обращений к богам за оракулами, человеком суеверным и трусоватым, однако впечатление это обманчиво: он был правителем решительным и амбициозным, не ограничивавшимся удержанием достигнутого, а отвечавшим на вызовы своего времени смелыми новаторскими шагами. Он стремительно утвердил за собой власть, совершив поход на Ниневию (его старшие братья, убийцы Синаххериба, бежали на Армянское нагорье).
При нем Ассирия столкнулась с резким ростом угрозы со стороны кочевых ираноязычных племен: ок. 680 г. до н. э. скифы, когда-то вытеснившие киммерийцев из Предкавказья в Переднюю Азию, сами перевалили Кавказский хребет и обрушились с нашествием на горные страны, окаймлявшие Ассирию с севера, прежде всего на Восточное Закавказье и Северо-Западный Иран, где даже возникло особое Скифское царство, угрожавшее урартам, ассирийцам и мидянам. Под напором скифов киммерийцы отступили еще дальше на юго-запад, попав в бассейн Галиса, и отсюда совершали набеги на сопредельные области Анатолии, в том числе на ассирийские владения в Киликии.
В 679 г. до н. э. Асархаддон отразил нашествие киммерийцев на этой границе, а в 679–678 гг. до н. э. восстановил Вавилон и Вавилонию как особое царство, находящееся в унии с Ассирией, и сам занял вавилонский престол. Уцелевшие жители Вавилонии вернулись на родину. Привилегии ассирийских и вавилонских городов были также восстановлены и расширены. Все это стало резким отказом от курса Синаххериба в вавилонском вопросе, хотя официально Асархаддон не осудил отца, а объявил, что бог Мардук, недавно разгневавшийся на Вавилон и пожелавший его покинуть, теперь вернул ему милость, пожелал возвратиться туда и поручил Асархаддону его восстановить. В 675 г. до н. э. Асархаддон совершил дальний восточный поход, расширив границы Ассирии вплоть до соляной пустыни Дешт-и-Кевир, но тут же столкнулся на этом фронте с тяжелейшим кризисом: скифы напали на ассирийские владения в Северо-Западном Иране. Вся система ассирийской власти здесь рухнула: при поддержке скифов мидяне отложились от Ассирии под предводительством некоего Хшатриты (сына западноиранского князька Дейока, когда-то смещенного и сосланного Саргоном II) и создали собственное Мидийское царство, где Хшатрита стал царем (673–672 гг. до н. э.). В 672 г. до н. э. Асархаддон справился с этим кризисом, переманив скифов на свою сторону и отдав их предводителю Партатуа (у греческих историков — Прототий) в жены свою дочь. Ассиро-скифский союз превратился отныне в главный фактор в охране ассирийских границ на всем Севере, но Мидия так и осталась независимой.
