В отличие от прежних завоевателей Саргон просто аннексировал шумеро-аккадские номы, создав первую в истории Междуречья централизованную державу. Храмовые и государственные хозяйства находились в полном распоряжении царя; номы были лишены каких бы то ни было традиционных автономий, и их правители (титуловавшиеся отныне только «энси» — единственным лугалем теперь являлся Саргон) превратились фактически в чиновников царя. Советы старейшин и народные собрания перестали существовать в качестве органов управления (хотя сходки воинов, своих приверженцев, Саргон собирал и с ними совещался). Преемники Саргона даже скупали в «добровольно-принудительном» порядке землю у общин по сниженным ценам, расширяя тем самым государственное хозяйство. Государственным языком династии Саргона служил не только шумерский, но и аккадский. Население в целом (кроме тех, кто успел попасть в военно-служилую прослойку) мало что выиграло от победы Саргона из-за повинностно-податной эксплуатации со стороны государства.
Уже в последние годы правления Саргона начались восстания знати, поддержанные народом (по преданию, сам Саргон вынужден был прятаться от бунтовщиков в сточной канаве). Преемники Саргона подавляли восстания как в самом Шумере, вырезая целые города и предавая казни тысячи сдавшихся, так и в дальних зависимых странах. Внук Саргона Нарам-Суэн (2236–2200) поначалу столкнулся с массовым восстанием по всей империи.
Подавив его и совершив новые завоевания, он отказался от старых, традиционных титулов (и тем самым от подтверждения их жрецами) и назвался «царем четырех сторон света» (т. е. всего мира), а потом и просто провозгласил себя при жизни главным богом-покровителем собственной империи. Тем самым он вступил в конфронтацию с храмами, особенно с храмом Энлиля в Ниппуре. Вскоре на Аккад с севера обрушились неизвестные до того северные варвары (возможно, полукочевые индоевропейцы из-за Кавказа), известные впоследствии в месопотамской традиции под названием «умман-манда» («воинство манда»), вслед за этим последовали нападения горцев-кутиев. Внешние владения Аккада оказались утрачены. Нарам-Суэн и его преемник Шаркалишарри вели с кутиями борьбу, окончившуюся катастрофой: под их ударами аккадская держава распалась, а племенной союз кутиев установил верховную власть над номами Нижней Месопотамии (ок. 2175 г. до н. э.).
Страна была разорена: к гнету местных элит прибавилось иго иноземцев-кутиев, которым местные правители Шумера отправляли дань. Лишь владетели Лагаша (особенно Гудеа, 2137–2117 гг. до н. э.) сделали ставку на кутиев, пользовались их поддержкой и осуществляли от их имени контроль над прочими номами. Этим Лагаш вызвал к себе в Нижней Месопотамии такую ненависть, что при освобождении от господства кутиев подвергся жестокому разгрому, а лагашских царей вычеркнули из составленного позднее сводного списка шумерских правителей.
Господство кутиев рухнуло под ударами народного восстания, поднятого рыбаком Утухенгалем, в 2109 г. до н. э. Повстанцы смели и местных правителей, восстановив централизованную державу под названием «Царство Шумера-и-Аккада»; государственным языком в нем считался лишь шумерский. Начиная с преемника Утухенгаля, Ур-Намму, столицей стал Ур, а созданная им династия получила известность как III династия Ура. Ур-Намму (2106–2094) и особенно его сын Шульги (2093–2046) превратили свою державу в нечто невиданное в Месопотамии: большая часть земли перешла к государству, и на ней образовались огромные централизованные хозяйства, подавляющая часть населения была обращена в подневольников рабского типа (гурушей, досл. «молодцев», и теме, досл. «рабынь»), прикрепленных к этим хозяйствам и работавших там за пайки бригадами. Значительная часть всей этой рабочей силы жила в нечеловеческих даже по тому времени условиях в лагерных поселениях. Квалифицированные ремесленники, служащие и воины получали большие пайки. Представители чиновничества имели за службу наделы. Цари Ура обожествляли себя и опирались на огромный бюрократический аппарат, необходимый для управления небывалым государственным хозяйством.