«Делами, – как говорит тот же Капитолии, – он занимался помногу и очень вдумчиво, сделав в государственном механизме много полезных улучшений. Тем временем парфяне были побеждены, но, возвращаясь из Месопотамии, римляне занесли в Италию чуму. Зараза быстро распространилась и свирепствовала с такой силой, что трупы вывозили из города на телегах. Тогда Марк Аврелий установил очень строгие правила насчет погребений, запретив хоронить в черте города. Многих бедняков он похоронил за государственный счет. А между тем началась новая, еще более опасная война». Грозная опасность надвигалась с дунайской границы. Еще во время Парфянской войны там началась затяжная борьба с германскими и сарматскими племенами маркоманов, квадов, язигов и других народов, живших к северу от Дуная. В 167 году они прорвали дунайскую границу и хлынули на территорию Империи, опустошая пограничные провинции. Борьба с ними крайне затруднялась чумой и жестоким финансовым кризисом, охватившим Империю. Передовые отряды варваров проникли даже в Северную Италию. Пришлось мобилизовать все силы государства. В войска зачисляли рабов и гладиаторов. Марк Аврелий пожертвовал на нужды войны свои личные драгоценности. Вот что по этому поводу пишет Капитолии: «Истощив на эту войну всю свою казну, император даже не подумал требовать от провинций каких-нибудь чрезвычайных поборов. Вместо этого он устроил на форуме Траяна торги принадлежащих императору предметов роскоши: он продал золотые и хрустальные бокалы, императорские сосуды, шелковую золоченую одежду жены, даже драгоценные камни, которые он нашел в большом количестве в потайной сокровищнице Адриана. Эта распродажа длилась два месяца и принесла столько золота, что он мог успешно продолжить борьбу с маркоманами и сарматами на их собственной земле, добиться многих побед и достойно наградить своих воинов».
С большим трудом варваров отбросили к границе. Затем римские войска под личным руководством обоих императоров (впрочем, Луций Вер умер в начале войны) перешли в наступление. Борьба приняла крайне упорный характер. Варвары не раз наносили поражения римлянам, повторялись их набеги и на Италию. Однако Римское государство сохранило еще достаточно сил для того, чтобы на этот раз справиться с опасностью. К середине 70-х годов маркоманы, квады и язиги были вынуждены подчиниться. У них отобрали узкую полосу земли вдоль границы, причем они обязались поставлять Риму вспомогательные отряды. Часть пленных была поселена на римской территории в качестве военных колонистов: они должны были обрабатывать землю и вместе с тем служить в римских войсках. Эта мера, ввиду уменьшения и обнищания населения, была одним из способов увеличить обороноспособность Империи, и к ней не раз прибегали и преемники Марка Аврелия. Но в дальнейшем она послужила одной из предпосылок «варваризации» Империи и упадка ее военной мощи. Вернувшись в Рим в 172 году, Марк Аврелий отпраздновал триумф.
Войну на Дунае пришлось закончить далеко не так, как хотелось бы императору. Он уже собирался образовать за Дунаем новые провинции, Маркоманию и Сарматию, но в 175 году вспыхнул мятеж в Египте, где наместник Сирии Авидий Кассий, получив ложные известия о смерти Марка, провозгласил себя императором. Значительная часть восточных провинций признала его. Тревожные события на Востоке заставили Марка поторопиться с заключением мира. Однако прежде чем Аврелий успел прибыть на Восток, узурпатор после 3 месяцев правления был убит своими же сторонниками. Марк Аврелий, добравшись наконец до Александрии, во всем разобрался, очень милостиво обошелся с воинами Кассия и самими египтянами. Родственников Кассия он вообще запретил преследовать. В следующем году император вернулся в Рим, но уже в 178 году был вынужден снова отправиться на Дунай, где опять восстали маркоманы и квады. На этот раз борьба с ними началась гораздо успешнее, но прежде чем она была окончательно завершена, Марк Аврелий умер, заразившись чумой в Виндобоне (современная Вена) в марте 180 года. Капитолии с восхищением описывает последние часы императора. «Незадолго до своей кончины он призвал своих друзей и беседовал с ними, смеясь над бренностью человеческих дел и выражая презрение к смерти. Правда, по другой версии, его сын Коммод задушил Марка Аврелия, так как тот начал поправляться после болезни, что совсем не устраивало Коммода, уже почувствовававшего себя императором. Вообще, на протяжении всей своей жизни он отличался таким спокойствием духа, что выражение его лица никогда не менялось ни от горя, ни от радости. Кончину свою он принял также спокойно и мужественно, ибо не только по роду занятий, но и по духу был истинным философом».