«Мне стало известно, что бывшему командиру корпуса генерал-майору тов. БОГДАНОВУ предъявлено обвинение в трусости во время боя. Я комиссар корпуса со всей партийной ответственностью заявляю, что со стороны БОГДАНОВА, находясь вместе в боях, я этого абсолютно не замечал, а наоборот, отношу к храбрым командирам, кроме всего мне как комиссару корпуса совершенно неясно до настоящего времени, за что был снят и отстранен от должности генерал-майор тов. БОГДАНОВ, так как корпус хотя и имел крупные недочеты в боях, но они, я считаю, ничуть не больше другого братского танкового корпуса или других соединений 3 ТА. Я этот вопрос поставил не в силу защиты тов. БОГДАНОВА, а хочется быть объективным, что имеет важнейшее значение для воспитания начальствующего состава, штабов и для дальнейших успешных боевых действий корпуса.
Лично я оцениваю генерал-майора тов. БОГДАНОВА, как одного из грамотных генералов танковых войск нашей Красной Армии».
Письмо комиссара корпуса помогло Богданову избежать суда.
Арест и несправедливые обвинения не сломили Богданова. Но ему каждый раз приходилось почти заново начинать карьеру. В марте 1940 г. его назначают на незначительный пост в 29-ю легкотанковую бригаду. В декабре он принял 32-ю легкотанковую бригаду, а в марте 1941 г. – 30-ю танковую дивизию. В начале Великой Отечественной войны части дивизии вели тяжелые бои на Слонимском направлении. 30 июня 1941 г. дивизия была расформирована, а Семен Ильич направлен на академические курсы, затем работал в штабе Московского военного округа, возглавлял Можайский укрепрайон, был заместителем командующего 5-й и 10-й армиями.
Командующий 5-й армией генерал-лейтенант артиллерии Л.А. Говоров в характеристике на генерал-майора Богданова, подписанной 15 апреля 1942 г., отмечал:
«…Тов. БОГДАНОВ в составе 5-й армии с первых дней ее организации. Инициативный, смелый энергичный командир. Обладает широким тактическо-оперативным кругозором, хорошо разбирается в вопросах применения танков и их взаимодействия с другими родами войск.
В тяжелых боях за Москву, при выполнении ряда ответственных заданий Военного Совета, успешно справился с поставленными перед ним задачами.
При выполнении операции по разгрому звенигородской группировки пр-ка непосредственно сам принимал участие в боях, проявив при этом смелость и мужество.
Партии ЛЕНИНА – СТАЛИНА предан.
ВЫВОД Занимаемой должности – СООТВЕТСТВУЕТ».