Пропаганда лордов развернулась в полную силу. Когда Мария проезжала по улицам, толпа выкрикивала оскорбления. Ей предстояло пережить еще одно унижение — ее привезли не в Холирудский дворец, а в дом лорда-провоста напротив Маркет-Кросс. «В эту ночь», сообщал сэр Джеймс Мелвилл, основываясь на информации, предоставленной лордами, она написала Босуэллу, «называя его дорогим ее сердцу и обещая, что никогда не забудет и не покинет его». Она заверяла Босуэлла, что рассталась с ним только ради его безопасности, утешала и призывала быть осторожным. Мария отдала письмо гонцу и заплатила, чтобы тот доставил послание в Данбар. Гонец взял деньги, но отдал письмо лордам. История в высшей степени неправдоподобная — даже Мелвилл сомневался в ней, отмечая на полях: «Некоторые подозревают, что письмо фальшивое». Дрери рассказали ту же историю. Затем ему сообщили: «Королева поклялась, что не будет есть мяса [
На следующий день, сообщал шпион Дрери, Мария подошла к окну и призвала на помощь народ. «Она подходила к означенному окну несколько раз в таком жалком состоянии, с распущенными волосами, с обнаженной и выставленной на обозрение грудью и всем телом выше пояса, так что ни один человек не мог смотреть на нее без жалости и сострадания». Увидев проходящего мимо Мейтланда, Мария заклинала его во имя любви к Богу прийти и поговорить с ней, однако он надвинул шляпу на глаза и сделал вид, что не слышит.
Мейтланд рассказал дю Кроку совсем другую историю. Мария высунулась из окна и потребовала объяснений, почему ее разлучили с Босуэллом, «с которым она надеялась жить и умереть вместе, с полного одобрения всего мира».
В процессе сложной интриги, длившейся три часа, Мейтланд пытался понять, как дю Крок отреагирует на помещение Марии в тюрьму или высылку за границу, чтобы затем лорды правили от имени принца Джеймса. Было заключено секретное соглашение. Дю Крок пообещал, что Франция останется в стороне, но только при условии неучастия Англии. Если Елизавета вмешается, то Карл IX будет вынужден открыто стать на сторону Марии.
Но дело в том, что, пока Мария оставалась королевой, ее поддерживало большинство подданных. Надежный хроникер, не нанятый лордами конфедерации, дает наиболее достоверное описание этого эпизода. Его версия гласит: когда Мария высунулась из окна и обратилась за помощью к народу, «горожане собрались в большом количестве и, увидев ее душевное состояние, прониклись к ней жалостью и состраданием. Увидев это, лорды пришли к ней с притворным сочувствием, почтительностью и прекрасными речами и сказали, что в их намерения никоим образом не входило держать ее взаперти». Это согласуется с другими независимыми источниками. Чтобы рассеять гигантскую толпу, лордам пришлось выступить с заявлением. Марии будет позволено вернуться в Холирудский дворец, где она сможет «делать все, что пожелает». Услышав это, Мария «успокоилась, и люди добровольно разошлись».
В тот же вечер Мортон и Атолл сопроводили Марию в Холируд; они ехали по обе стороны от нее, а впереди шел отряд аркебузиров со знаменем, на котором был изображен мертвый Дарнли. По условленному сигналу специально отобранная группа зевак кричала: «Сожгите ее, сожгите ее, она недостойна жить, убейте ее, утопите ее!» Но все оказалось обманом. Мария пробыла в Холирудском дворце несколько часов, и лишь потому, что везти ее куда-то при свете дня было небезопасно. После наступления темноты ей приказали собираться. В плаще, накинутом прямо на ночную рубашку, испуганную королеву Шотландии перевезли на пароме через Ферт-оф-Форт в Файф, а оттуда в замок на острове посреди озера Лох-Ливен, недалеко от Кинросса. На рассвете во вторник 17 июня ее посадили в лодку и отвезли на остров. Замок, зловеще проступавший в утреннем тумане, был неприступен: квадратная башня в четыре этажа с круглыми выступающими башенками по углам высилась посреди озера, окружность которого в те времена составляла от 12 до 15 миль, а от острова до ближайшего берега было около полумили. У подножия лестницы, ведущей к подъемному мосту, Марию встретил сэр Уильям Дуглас, лэрд Лох-Ливена, который проводил ее в скудно обставленную комнату на первом этаже. Позже королеву перевели в более надежное помещение в круглой башенке в юго-восточном углу замка.
