Кроме того, у основного и дублирующего экипажей возникли предложения по внесению изменений в некоторые бортовые системы космического корабля. В частности, Борис Волынов просил сделать выключатель для вентилятора кабины. Георгий Береговой предлагал более рационально разместить аппаратуру для военных экспериментов по наблюдению за запуском с Земли баллистических ракет. Георгий Шонин хотел сделать дополнения к аварийному запасу. Для решения всех этих вопросов требовалось и дополнительное время, и дополнительная работа.
24 и 25 февраля состоялась суточная комплексная тренировка первого экипажа, затем сдал экзамен и второй экипаж. Генерал Каманин беседовал с Борисом Волыновым, Георгием Шониным, Георгием Береговым и Владимиром Шаталовым, договорились о режиме суток в космическом полете, о режиме связи, просмотрели весь перечень научных и военных экспериментов.
28 февраля 1966 года экипажи Волынов – Шонин и Береговой – Шаталов сдали экзамены по готовности к предстоящему полету на «Восходе – 3». Экзамены принимала большая комиссия в составе представителей Центра подготовки космонавтов, Военно-воздушных сил, Института медико-биологических проблем и представителей различных конструкторских бюро. Экзамены были сданы успешно. Всем космонавтам была поставлена оценка «отлично».
Увы, но за три дня до этого, 25 февраля, в Институте медико-биологических проблем были досрочно прекращены испытания системы жизнеобеспечения для «Восхода-3». На четырнадцатые сутки эксперимента началось падение в составе атмосферы процентного содержания кислорода и роста концентрации углекислого газа до недопустимых пределов. На шестнадцатые сутки прервались испытания и на заводе «Звезда». Генерал Каманин констатировал: «Система регенерации воздуха может «скиснуть» в любой момент, - короче говоря, система еще не доведена до надежной работы в течение 20 суток».
Из-за неготовности системы жизнеобеспечения провести полет «Восхода-3» в марте 1966 года уже не представлялось возможным. Поэтому 1 марта решили пилотируемый пуск отложить на вторую половину апреля 1966 года.
Проблемы возникли и при испытаниях парашютной системы космического корабля. Три подряд испытания в феврале 1966 года прошли плохо: были разрывы парашютов. Космический корабль по срокам нужно было уже вывозить на космодром, но он все еще был не готов к полету.
