1986 – переход на работу к Александру Анчишкину в Институт экономики и прогнозирования научно-технического прогресса (ИЭПНТП АН СССР); женитьба на подруге детства, дочери писателя Аркадия Стругацкого Марии Стругацкой. На спортбазе Ленинградского финансово-экономического института «Змеиная горка» проходит первый большой открытый научный семинар будущей команды реформаторов.
1987 – переход на работу в журнал «Коммунист» в качестве редактора отдела экономики; масштабный семинар экономистов, в том числе групп Гайдара и Чубайса, в «Лосево» под Ленинградом. Основан клуб «Перестройка» (в Москве и Ленинграде).
1988–1990 – нашумевшие статьи Гайдара против мегаломанических нефтегазовых проектов, в защиту артели «Печора», с разбором затратных механизмов советской экономики (совместно с Отто Лацисом и Виктором Ярошенко). Записка Михаилу Горбачеву о дефиците советского бюджета и нерациональных расходах; участие в рабочих группах по подготовке экономических программ Совета министров СССР; участие в семинарах экономистов-реформаторов на Ладоге.
1989 – защита докторской диссертации «Экономическая политика и хозяйственная реформа. Проблемы взаимосвязи».
1990 – рождение сына Павла.
Переход в газету «Правда» в качестве редактора по отделу экономики, члена редколлегии.
Формирование по предложению Абела Аганбегяна Института хозяйственного механизма в структуре Академии народного хозяйства; Гайдар становится директором института.
1991 – переименование научной структуры в Институт экономической политики; знакомство Гайдара с близким соратником Бориса Ельцина Геннадием Бурбулисом во время августовского путча.
Сентябрь – формирование под руководством Гайдара рабочей группы на госдаче № 15 в поселке Совмина РСФСР «Архангельское». Подготовка концепции радикальных экономических реформ.
Октябрь – первая встреча с Борисом Ельциным, объявление президентом России начала реформ.
Ноябрь – Ельцин становится главой правительства, Гайдар – вице-премьером по экономике и финансам, представители его команды назначаются на различные должности в кабинете министров.
1992, январь – либерализация цен, внешней торговли, объявление свободы торговли, «малая» приватизация.
Март – назначен первым заместителем председателя правительства.
Апрель – серьезный конфликт с Верховным Советом, заявление об отставке правительства, которая не была принята президентом.
Май – июль – первые отставки соратников, компромиссы с Верховным Советом.
Июнь – назначен и. о. председателя правительства.
Август – сентябрь – новая волна конфликтов, ужесточение реформаторской стабилизационной политики; начало ваучерной приватизации.
Осень – участие в урегулировании осетино-ингушского конфликта. Участие в урегулировании конфликта в Таджикистане.
Декабрь – отставка Гайдара и правительства реформ.
1993 – научная работа в качестве директора Института экономических проблем переходного периода.
Июнь – становится председателем предвыборного блока «Выбор России».
Сентябрь – возвращение в кабинет министров на пост первого вице-премьера по экономике.
3 октября – во время противостояния президента и Верховного Совета обращается к москвичам с призывом собраться у Моссовета с целью защиты демократии.
Участие в качестве руководителя блока «Выбор России» в выборах в Госдуму, блок занимает второе место на выборах по партийным спискам и первое – по количеству депутатских мест в новом парламенте.
1994, январь – отставка с поста первого вице-премьера.
Становится руководителем самой крупной парламентской фракции «Выбор России», в этом качестве продвигает ряд важных реформаторских законов.
Июнь – избран председателем партии «Демократический выбор России».
Конец года – резко выступает против войны в Чечне.
1995 – руководство фракцией в парламенте, работа в комитете по бюджету Госдумы; в июне участие в урегулировании ситуации в Буденновске; попытка объединения с партией «Яблоко» на выборах в Госдуму; становится вице-президентом Международного консервативного союза, основанного Маргарет Тэтчер.
Декабрь – поражение предвыборного блока Гайдара на выборах в Госдуму.
1996 – в начале года выступает против выдвижения Ельцина в президенты, попытки переговоров о выдвижении кандидатуры на пост главы государства с различными политическими деятелями, включая Бориса Немцова.
Весна – принято решение о поддержке «Демвыбором России» Бориса Ельцина.
1997 – участие в подготовке программы преобразований правительства «младореформаторов» (где работают Борис Немцов и Анатолий Чубайс в качестве первых вице-премьеров).
1998 – активные консультации с правительством Сергея Кириенко и попытки урегулирования финансового кризиса, который заканчивается августовским дефолтом.
