Перетряхнув таким образом армию, Петр принялся за церковь. Крещен в православную веру он был в государственных интересах, но в глубине души оставался лютеранином. Вера его подданных представляется ему скопищем идиотских преданий и варварских суеверий. Ему, европейцу, придется очистить все это от пыли. Несмотря на настойчивые советы Фридриха, он еще не венчан на царство как император в Москве, а следовательно, еще не является официальным главой церкви, но он покажет этому сброду бородатых козлов в митрах, как себя вести. Вдохновляясь прогрессивными идеями, он прикажет поснимать все иконы в церквах, кроме тех, где изображен Христос и Дева Мария, пусть попы сбросят сутаны и наденут пасторские рединготы, а заодно и сбреют бороды. В своем дворце он приказал соорудить лютеранский храм и лично присутствует там на молитвах. Он провозглашает равноправие всех конфессий и принимает меры к терпимости в отношении русских «еретиков», в частности староверов. И наконец, главное: он посмел приказать конфисковать имущество церкви. Это было посягательством на святая святых. Русская церковь очень богата и всемогуща. Обладая обширными землями, церковь тем не менее не платит государству налоги. Влияние ее на население так велико, что ни один монарх еще не посмел ей перечить. Кто выступит против нее, тот выступит против Бога. Кто поднимет руку на ее казну, ограбит Бога. Указ о секуляризации части монастырских владений вызвал возмущение духовенства: новый император – еретик и лютеранин, антихрист во плоти! В селениях поднимаются бунты. «Это всенародный крик недовольства», – констатирует барон де Бретель в донесении от 18 июня 1762 года.
Однако среди этого града указов некоторые были встречены с одобрением. Так, Петр одним росчерком пера ликвидировал Тайную канцелярию, о которой Кейт писал в своем донесении от 5 февраля 1762 года: «Это жуткое судилище оказалось более жестоким, чем испанская инквизиция». Многие приближенные к трону вздохнули с облегчением. Особенно же аристократия благодарна царю за провозглашение «Манифеста о вольности дворянства», который освободил дворян от обязательной службы в армии в мирное время, позволил им ездить за границу и упрочил их власть над крепостными.