Интригу разыграли при содействии Крёкшина. В сентябре 1746 года Шумахер поручил Миллеру оценить привезенное из Сената «родословие великих князей, царей и императоров российских», составленное неугомонным комиссаром. Подвох генеалогического древа таился в утверждении автора, что Романовы — прямые потомки Рюриковичей. Честный историк, без сомнения, должен был опровергнуть этот вымысел и тем самым дать повод патриотам обвинить его в оскорблении высочайшей фамилии. Миллер против истины не погрешил и в замечаниях от 6 октября 1746 года решительно раскритиковал фантазии Крёкшина. Судя по всему, почитатели Татищева не инспирировали коллизию, а просто ею воспользовались. Ведь более трех с половиной месяцев интерес к рецензии профессора-немца ни у кого, в том числе у самого Петра Никифоровича, не возникал. Похоже, его замечания никто даже не читал, пока в середине января 1747 года о них не вспомнили.
Двадцать восьмого января в академической канцелярии в присутствии президента Крёкшин «требовал поданного от профессора Миллера о родословии государей, царей, великих князей российских примечания». Разумовский удовлетворил просьбу. А 23 февраля комиссар официально предупредил Академию наук, что уличил Миллера «в собирании хулы на русских князей». 11 марта он подкрепил обвинение сборником собственноручных выписок немца из сочинений иностранцев о России, в которых, понятно, имелось немало сентенций, для русского слуха нелестных. Миллер отреагировал на угрозу политического суда над ним мгновенно, предложив рассмотреть свою полемику с Крёкшиным независимым арбитрам — «двум или трем из профессоров». 18 марта такая комиссия была сформирована в составе иностранца Ф. Г. Штрубе де Пирмонта и двух русских — В. К. Тредиаковского и М. В. Ломоносова.
За недосугом или по иным причинам третейский суд лишь 19 июля вынес вердикт — единогласно и, главное, в пользу Миллера. Крёкшин, доложили три профессора К. Г. Разумовскому, «не доказал, почему он высочайшую фамилию Романовых производит от князя Романа Васильевича Ярославского» из династии Рюриковичей. И пусть потом Петр Никифорович бил челом Сенату, добиваясь осуждения и Миллера, и членов комиссии, переиграть всё заново было невозможно: других русских профессоров Академия наук в ту пору не имела. Хотя по поведению сенаторов видно, что переиграть им очень хотелось. 4 августа они пригласили на заседание Ломоносова, чтобы тот перевел им с латыни отрывок из бумаг Миллера, касающийся польской истории, который Крёкшин считал наиболее оскорбительным для императорской чести, но так и не нашли, к чему придраться. Впрочем, это не помешало Сенату 4 декабря по очередной челобитной комиссара возобновить дело и оставить в подвешенном состоянии, как говорится, на всякий случай…
Совпадение опять же поразительное: Сенат взял на заметку апелляцию Крёкшина через две недели после кульминационного события данной эпопеи — заключения с Миллером контракта о принятии на русскую службу историографом «для сочинения генеральной российской истории». Профессору повысили жалованье, прикомандировали помощника в ранге профессора истории И. Э. Фишера и обещали учредить особый департамент по плану, им же разработанному, правда, потребовав клятвенного обещания «из Российского государства не выезжать по смерть» и никогда не увольняться из академии, о чем Разумовский объявил в канцелярии 10 ноября. Миллер, смущенный унизительными ограничениями, поначалу заартачился. Понадобилось десять дней, чтобы он осознал, насколько подобная присяга важна в условиях, когда патриотическая партия раздражена самим фактом, что русскую историю будет писать иностранец. Наконец 20 ноября Миллер, смирившись, подписал документ.
