Архиепископ Ауха, человек снисходительный как к другим, так и к себе, похоже, не предпринял никаких действий в связи с этим письмом; а архиепископ Нарбонны и епископ Безье сопротивлялись папским легатам, которых Иннокентий послал для исполнения своих указов. Примерно в это время шесть знатных дам, во главе с сестрой графа Фуа, были обращены в катаризм в ходе публичной церемонии, на которой присутствовали многие представители знати. Иннокентий заменил своих неудачливых легатов более решительным агентом, Арно, главой цистерцианских монахов (1204); дал ему чрезвычайные полномочия для проведения инквизиции по всей Франции и поручил ему предложить королю и знати Франции пленарную индульгенцию за помощь в подавлении ереси катаров. Филиппу Августу, в обмен на такую помощь, папа предложил земли всех, кто не присоединится к крестовому походу против альбигойцев.26 Филипп отказался; он только что завоевал Нормандию, и ему нужно было время, чтобы переварить услышанное. Раймонд VI Тулузский согласился воздействовать на еретиков уговорами, но отказался вступить в войну против них. Иннокентий отлучил его от церкви; он пообещал выполнить обещание, был отпущен, но снова проявил небрежность. «Как мы можем это сделать?» — спросил рыцарь, которому папский легат приказал изгнать катаров из своих земель. «Мы воспитывались среди этих людей, у нас есть среди них родственники, и мы видим, что они живут праведно».27 Святой Доминик прибыл из Испании, мирно проповедовал против еретиков и святостью своей жизни обратил их в православие.28 Возможно, проблему удалось бы решить подобным образом, с помощью реформы духовенства, если бы Пьер де Кастельно, папский легат, не был убит рыцарем, которому впоследствии покровительствовал Раймон.29 Иннокентий, который почти десять лет терпеливо сносил неудачу в борьбе с ересью, теперь прибег к крайним мерам. Он отлучил от церкви Раймонда и всех его пособников, наложил интердикт на все подвластные им земли и предложил эти земли любому христианину, который сможет их захватить. Он созвал христиан со всех стран в крестовый поход против альбигойцев и их покровителей. Филипп Август разрешил многим баронам своего королевства записаться в армию, и контингенты прибыли из Германии и Италии. Всем участникам была обещана та же пленарная индульгенция, что и тем, кто принял крест в Палестине. Раймонд попросил прощения, совершил публичное покаяние (его бичевали полуголым в церкви Святого Жиля), получил новое отпущение грехов и присоединился к священной войне (1209).
Большинство населения Лангедока, как дворяне, так и простолюдины, сопротивлялись крестоносцам, видя в нападении северных баронов и солдат попытку захватить их земли под прикрытием религиозного рвения; даже ортодоксальные христиане юга боролись с нашествием с севера.30 Когда крестоносцы подошли к Безье, они предложили избавить его от ужасов войны, если он сдаст всех еретиков, перечисленных его епископом; городские вожди отказались, заявив, что предпочтут стоять в осаде до тех пор, пока не будут вынуждены есть своих детей. Крестоносцы взломали стены, захватили город и уничтожили 20 000 мужчин, женщин и детей в беспорядочной резне, даже тех, кто искал убежища в церкви.31 Цезарий Хейстербахский, цистерцианский монах, писавший двадцать лет спустя, является единственным авторитетом для нас в том, что когда Арно, папского легата, спросили, следует ли пощадить католиков, он ответил: «Убейте их всех, ибо Бог знает своих»;32 Возможно, он опасался, что все побежденные по такому случаю исповедуют православие. После того как Безье был сожжен дотла, крестоносцы под предводительством Раймонда двинулись на штурм крепости Каркассон, где племянник Раймонда, граф Рожер Безье, занял последнюю позицию. Крепость была взята, а Рожер умер от дизентерии.
Самым храбрым вождем в этой осаде был Симон де Монфор. Он родился во Франции около 1170 года и был старшим сыном владыки Монфора под Парижем; через свою мать-англичанку он стал графом Лестером. Как и многие мужчины того лихого века, он умел сочетать великое благочестие с великими войнами; он каждый день слушал мессу, славился своим целомудрием и с честью служил в Палестине. Со своей небольшой армией в 4500 человек, подстрекаемый папским легатом, он нападал на город за городом, преодолевал сопротивление и предлагал жителям выбор: присягнуть на верность римской вере или умереть как еретики. Тысячи поклялись, сотни предпочли смерть.33 В течение четырех лет Симон продолжал свои походы, опустошив почти всю территорию графа Раймонда, кроме Тулузы. В 1215 году ему сдалась сама Тулуза; граф Раймон был низложен советом прелатов в Монпелье, а Симон унаследовал его титул и большую часть земель.