Указом от 26 ноября 1948 г. "Об уголовной ответственности за побеги из мест обязательного и постоянного поселения лиц, выселенных в отдельные районы Советского Союза в период Отечественной войны" на Особое совещание было возложено рассмотрение дел об этих побегах, за которые Указом установлено наказание 20 лет каторжных работ.
Указом от 21 февраля 1948 г. на Особое совещание возлагалось вынесение решений о направлении в ссылку на поселение в отдаленные местности СССР отбывших наказание особо опасных государственных преступников (троцкистов, диверсантов, шпионов и др.).
Кроме того, по сложившейся практике, Особым совещанием разрешались и некоторые другие дела. Оно имело право заключать в ИТЛ сроком на 8 лет за уклонение от общественно полезного труда в местах спецпоселения лиц, выселенных за уклонение от трудовой деятельности в сельском хозяйстве, а там же лиц, высланных в места спецпоселения навечно.
Было предоставлено также право выселять из Литовской, Латвийской, Эстонской ССР и западных областей Украины в отдельные местности СССР членов семей участников националистического подполья;
В Особом совещании рассматривались дела в отношении антиобщественных, паразитических элементов, занимающихся попрошайничеством, которые согласно Указу Президиума ВС СССР от 23 июля 1951 г. подлежали направлению на спецпоселения в отдельные районы Советского Союза сроком на 5 лет;
Рассматривались вопросы о досрочном освобождении по болезни осужденных к ссылке. Разрешались дела о членах семей изменников Родины, которые по закону подлежали лишению избирательных прав и ссылке в отдельные районы Сибири.
Наконец, в Особом совещании рассматривались дела, в которых содержались сведения, связанные с методами работы органов МГБ.
Предоставление Особому совещанию широких прав внесудебного рассмотрения дел и применения любых мер наказания в условиях войны, не вызывалось необходимостью в мирное время, и тем не менее такие права сохранялись.
Это привело к тому, что за послевоенные годы значительная часть дел, расследуемых органами госбезопасности, в нарушение основного законодательства о подсудности направлялась органами МГБ не в судебные органы, а в Особое совещание при МГБ СССР, где, конечно, как управлению министерства, так и его местным органам значительно проще было добиться обвинительного приговора, нежели в суде.
Такое положение породило у значительной части работников следственных аппаратов органов МГБ безответственное отношение к расследованию дел о государственных преступлениях. По многим делам следствие проводилось поверхностно и в ряде случаев необъективно, не вскрывались с должной полнотой преступления, не уделялось должного внимания сбору бесспорных доказательств вины.
Работники органов МГБ, будучи уверенными, что дела будут рассматриваться в Особом совещании заочно, без вызова обвиняемого и свидетелей, собирали и приобщали к делу лишь такие документы и показания, которые говорили против обвиняемого, опуская все то, что хотя в какой-либо мере оправдывало или смягчало его вину.
Нередкими были случаи, когда решения по направляемым делам в Особое совещание предопределялось еще до ареста, что вело к поспешным, преждевременным, а иногда и необоснованным арестам. Допрос агентуры в качестве свидетелей превратился из крайнего средства в обычное явление.
Само Особое совещание, будучи чрезмерно перегруженным большим количеством дел, не обеспечивало тщательного, всестороннего их рассмотрения и иногда допускало грубые ошибки.
Все это способствовало снижению качества как агентурной, так и следственной работы, вело к укоренению порочных методов в работе, к нарушениям законов.
13 февраля 1950 г. МГБ доложило в ЦК ВКП(б) Сталину о состоявшемся 10 февраля заседании Особого совещания, на котором были рассмотрены дела на 1592 чел. Естественно, ни о каком серьезном рассмотрении этих дел не могло быть и речи.
Но Сталина в большей степени интересовала процедура ответственности за побеги, нежели процедура осуждения за один день более полутора тысяч человек. Он поставил перед Абакумовым вопрос: "А кто отвечает за побеги?"
Учитывая все это, в МГБ СССР обсудили вопрос о работе Особого совещания и посчитали необходимым:
Все следственные дела, расследуемые органами МГБ, как правило, направлять на рассмотрение в соответствующие суды по подсудности. На рассмотрение Особого совещания при МГБ СССР предлагалось направлять дела только о таких преступлениях, доказательства по которым в силу их особого характера не могли быть оглашены в судебном заседании. Предлагалось предоставить Особому совещанию право применять по рассмотренным делам предусмотренные законом меры наказания до 10 лет лишения свободы.
Права Особого совещания в части применения ссылки, высылки и направления на спецпоселение лиц, признаваемых общественно опасными по связям с прошлой деятельностью, сохранялись без изменений.