Все началось с того, что в начале 1936 года ленинградские чекисты пришли к выводу о существовании среди местных ученых контрреволюционной организации, состоящей из бывших зиновьевцев. Запросили санкцию Москвы на проведение арестов, но там, похоже, сочли представленные доказательства недостаточно убедительными, кроме того, заниматься бывшими зиновьевцами в разгар охоты на троцкистов никому не хотелось, так что инициатива ленинградцев поддержки в центральном аппарате не получила. Однако те продолжали настаивать, и в конце концов Ягода пошел им навстречу. В последних числах марта и в апреле 1936 г. были арестованы заместитель директора Института антропологии А. А. Бусыгин, помощник академика-секретаря отделения Академии наук в Ленинграде С. Н. Седых, ученый секретарь Института истории науки и техники Я. М. Урановский и некоторые другие научные работники. В начале мая 1936 г. от А. А. Бусыгина удалось получить признательные показания, согласно которым он являлся членом контрреволюционной организации, созданной в свое время бывшим заместителем заведующего планово-организационным сектором Академии наук Н. А. Каревым. Последний в апреле 1933 года был осужден на 3 года по делу «антипартийной группы правых» («бухаринская школа»), после чего организацию будто бы возглавил заместитель председателя Монгольского и Тихоокеанского комитетов АН СССР М. Н. Яковлев. В декабре 1934-го после убийства Кирова и он был арестован, но организация, как «выяснили» чекисты, не распалась, а продолжала существовать вплоть до последнего времени. В ходе последующих допросов Бусыгин назвал многих своих «сообщников» из числа работников академических учреждений Ленинграда и рассказал, что главной задачей организации было устранение методами террора партийного руководства страны. В частности, в 1934 году организация по поручению одного из лидеров бывшей зиновьевской оппозиции, И. П. Бакаева, тоже якобы готовила покушение на С. М. Кирова. Директивы тогдашнему руководителю организации М. Н. Яковлеву Бакаев давал будто бы от имени подпольного троцкистско-зиновьевского центра, который готовил также и убийство Сталина, для чего в разных городах страны создавались боевые террористические группы.
Получив показания на М. Н. Яковлева еще от нескольких «членов организации», чекисты взяли в работу его самого, и на допросе 27 мая 1936 года им были сделаны «признания», существенно повлиявшие на ход всего дальнейшего расследования. Яковлев сообщил, что в июне 1934 г. он встречался с приезжавшим в Ленинград Л. Б. Каменевым и получил от него директивы относительно дальнейшей контрреволюционной работы.
«Каменев передал мне решение центра об организации борьбы против руководителей ВКП(б) и правительства путем террора. Он спросил, как я отношусь к этому, и, получив мой положительный ответ, сделал прямое предложение о необходимости подготовки теракта над Кировым, сообщив одновременно, что в Москве организацией подготовляется покушение на Сталина»{174}.
По словам Яковлева, Каменев будто бы сообщил ему, что подготовка убийства Кирова параллельно ведется также группой Румянцева-Котолынова (которая его якобы в конце концов и совершила) и группой, возглавляемой бывшим секретарем Зиновьева Н. М. Моториным. Сам Яковлев, в свою очередь, будто бы сообщил Каменеву об объединении своей группы с троцкистской группой, руководимой заместителем председателя ленинградского отделения Коммунистической академии Г. С. Зайделем, «на основе признания террора как единственного метода борьбы против руководства партии». «Каменев сказал, что объединение зиновьевской организации, возглавляемой мною, с троцкистской группой Зайделя полностью соответствует установкам московского центра зиновьевской организации. Тогда же Каменев сообщил мне, что в Москве на этой же основе террористической борьбы против партийного руководства зиновьевский центр давно уже объединился с троцкистской организацией Смирнова-Мрачковского. Каменев сказал, что в объединенный центр зиновьевско-троцкистской организации входят Зиновьев, он, Каменев, Бакаев, Смирнов, Тер-Ваганян и Мрачковский»{175}.
Допрошенный на следующий день после Яковлева бывший директор Института антропологии и этнографии Н. М. Моторин подтвердил, что по поручению И. П. Бакаева его группа вела в 1934 году подготовку убийства Кирова (наряду с группами Румянцева-Котолынова и Яковлева) и что, со слов Бакаева, ему известно об объединении в Москве троцкистов и зиновьевцев в один блок для совместной борьбы методами террора с руководством ВКП(б).
Направляя 1 июня 1936 г. Сталину и Ежову протоколы допросов ленинградских научных работников, Ягода в сопроводительной записке указывал:
