Невозможно было избежать официальных контактов между главнокомандующими фронтов и лидерами общественных организаций, функции которых заключались в помощи армии, в уходе за ранеными и больными, во все усложняющейся и расширяющейся организации снабжения продовольствием, одеждой, фуражом и даже оружием и боеприпасами. Лидеры общественных организаций, как мы увидим, не замедлили воспользоваться официальными контактами, чтобы постоянно жаловаться на инертность правительственных учреждений и заострять проблемы, которые и так осложняли отношения между главнокомандующими и министерствами. Сам Гучков и его заместитель Коновалов обрабатывали Алексеева в Ставке, а Терещенко, глава киевского военно-промышленного комитета, прилагал все усилия к тому, чтобы повлиять в том же духе на Брусилова, главнокомандующего Юго-Западным фронтом. Янушкевич, начальник штаба при великом князе, был заменен в августе 1915 года генералом Алексеевым, рекомендованным на эту должность после блестяще проведенной им в 1915 году трудной операции отступления. Он был скромным и сдержанным человеком, образованным генералом, к которому государь относился чрезвычайно внимательно: Алексеев через день, а также каждое воскресенье и в праздники, завтракал и обедал у государя и был почетным гостем. Каждое утро государь и Алексеев несколько часов обсуждали дела фронта. Они, по-видимому, хорошо понимали друг друга, и нет никаких указаний на то, что государь пытался навязать своему начальнику штаба какие-нибудь стратегические или тактические идеи. Фактически Алексеев был главнокомандующим, и каждое его начинание поддерживалось государем. Алексеев был неутомимым работником и не склонен был делить обязанности с подчиненными. В отношении стратегии он испытылал влияние весьма незаурядной личности, некоего генерала Борисова, который был генерал-квартирмейстером Алексеева на Западном фронте и оставался его советником. Алексеев не был придворным и не искал чинов и наград. Однако через полгода после назначения начальником штаба он был произведен в генерал-адъютанты — это была высочайшая милость, которую государь мог оказать военачальнику. К пересудам о влиянии Распутина на государственные дела Алексеев относился безучастно. Мы не знаем, осуждал ли Алексеев Распутина во время докладов государю, но когда государыня во время одного из посещений Ставки отозвала Алексеева и пыталась выяснить его мнение по поводу возможного посещения Распутиным действующей армии, Алексеев решительно против этого протестовал, чем вызвал серьезное недовольство императрицы.
Отношения Алексеева с государем оставались дружескими до тех пор, пока государь не узнал о его связях с Гучковым, председателем Центрального военно-промышленного комитета. Происхождение и характер этих связей лучше всего выявляются в телеграмме, посланной болевшим Гучковым начальнику штаба 14 февраля 1916 года:4
Крайне необходимо переговорить с вами, сделать вам доклад о всех сторонах деятельности Центрального военно-промышленного комитета и получить важные для комитета ваши указания.
Ввиду того, что Гучков не мог приехать в Ставку, он попросил Алексеева принять его помощника, А.И. Коновалова.
По мере того, как постепенно обнаруживались стремления лидеров общественных организаций, контакты Алексеева с ними становились все менее и менее невинными. 14 февраля 1916 года, в тот же день, когда была получена приведенная выше телеграмма Гучкова, Лемке отметил в своем дневнике, что по некоторым обмолвкам генерала Пустовойтенко (генерал-квартирмейстер Ставки) видно, что между Гучковым, Коноваловым, генералом Крымовым и Алексеевым зреет какая-то конспирация, какой-то заговор. Вполне возможно, что Лемке, который, несмотря на свои почти большевистские воззрения, был аккредитованным военным сотрудником Ставки, позже интерполировал эту запись в свой дневник, опубликованный в 1920 году, и проставил дату заговора задним числом. Не приходится, однако, сомневаться, что Гучков, Коновалов и Терещенко вели систематическую кампанию, не переставая доносить начальнику штаба, как правительство Штюрмера "саботирует", по их выражению, усилия общественных организаций обеспечить непрерывное снабжение фронта. Хорошо известное письмо Гучкова Алексееву, написанное в августе 1916 года, было просто кульминацией этой кампании.5 Реакция Алексеева на жалобы и обвинения была проста: он старался получить для армии от общественных организаций все, что возможно, и при этом не подогревать их политических амбиций и не вносить обострений в отношения с правительством. Все же заговорщики в общественных организациях не отступались, и если судить по как правило точным и достоверным записям генерала Деникина, они продолжали докучать Алексееву планами немедленных конституционных перемен даже зимой 1916-1917 гг., когда он выздоравливал после болезни в Крыму.