Тем временем началась настоящая охота на государя. Примечательно, что совсем недавно, в апреле 1865 года, был убит освободитель американских рабов Авраам Линкольн. Теперь начались покушения на жизнь освободителя русских крепостных. Но если Линкольна убил сторонник южан актер Бут, то травлю Александра Освободителя развернули те, кто как раз провозглашал себя поборниками освобождения народа! 4 апреля 1866 года революционер Дмитрий Каракозов в Петербурге у ворот Летнего сада стрелял в императора, промахнулся, был схвачен крестьянином Осипом Комиссаровым, посажен в Петропавловку, началось следственное дело. Комиссию по расследованию преступления возглавил все тот же «людоед» Михаил Николаевич Муравьев-Виленский, прозванный своими врагами «Вешателем» за то, что однажды, когда кто-то спросил его, не родственник ли он повешенному декабристу Муравьеву, он ответил:
— Я не из тех, кого вешают, а из тех, кто вешает.
Узнав о петербургском злодеянии, митрополит Филарет отправил царю верноподданное письмо: «Сколько преступная, столько же безумная дерзость подняла против тебя руку; но ее невидимо отразил ангел (хотя видимо чрез человека), и твоя жизнь и здравие сохранены, а преступлению попущено сделать только то, чем оно обличило само себя и повергло позору и правосудию. Благословен Бог, совершивший над тобою, благочестивейший государь, свое древнее слово: не прикасайтеся помазанным Моим! Ужас верноподданных и скорбь о том, что нашелся в России такой человек, умягчается только живейшею радостью о твоем сохранении и благодарною к Господу молитвою…»
В честь избавления царя от гибели повсюду устраивались крестные ходы. В иных местах по окончании ходов устраивалось угощение для народа. Митрополит Филарет выступил против таких угощений, ибо получалось, что люди не сами выражают свою приверженность монарху, но их заманивают ястием и питием.
Следственная комиссия признала Каракозова полностью виновным и приговорила к смертной казни. Муравьев-Виленский не дожил совсем немного и до этого события и до своего семидесятилетия, скончавшись 31 августа 1866 года. Герой войны с Наполеоном, храбро сражавшийся на Бородинском поле и потом всю жизнь не жалевший себя во благо России, он так и остался в памяти неблагодарных потомков «Муравьевым-Вешателем», благодаря стараниям либералов XIX века и советских историков века XX. Святитель Филарет особо чтил его за его подвиги, за то, что Михаил Николаевич вернул в лоно православия огромное количество белорусских униатов и католиков.
28 октября 1866 года состоялось бракосочетание наследника Александра Александровича с датской принцессой Дагмарой, ставшей Марией Федоровной. Филарет послал поздравительное письмо. На той свадьбе своеобразно произошло окончание Кавказской войны — на торжество был приглашен из Калуги плененный имам Шамиль. К тому времени он был пленен и особенным любезным обращением, которое оказывалось ему русскими. Явившись на свадьбу, он произнес свои знаменитые слова:
— Старый Шамиль на склоне лет жалеет о том, что он не может родиться еще раз, дабы посвятить свою жизнь на служение белому царю, благодеяниями которого он теперь пользуется.
В том же 1866 году на острове Крит вспыхнуло восстание православных греков против притеснений со стороны турок, владевших островом. Турки в ответ начали резню кандиотов, как принято было тогда называть критян по венецианскому названию Крита — Кандия. Митрополит Филарет стал вдохновителем сбора средств в пользу «страждущих христиан Востока», выступил с воззванием к новому обер-прокурору Синода Дмитрию Андреевичу Толстому и тем самым обратил внимание правительства на необходимость поддержать критян. В этих заботах он и встретил последний год своей жизни.
Чувствуя близкий уход, Московский Златоуст вновь обратился к поэзии и совершил стихотворный перевод «Увещевательной песни» святителя Григория Богослова:
