Во-вторых, это метод авторитета, также психологический по своей природе. Он имеет немалые преимущества над методом упорства, поскольку, допуская одни верования и не допуская другие, помогает достаточно долго сохранять в том или ином обществе мир. Данный метод особенно широко применялся в теократических обществах средневековья. Однако никакой общественный институт никогда не сможет контролировать мнения каждого субъекта. Организованные верования в конце концов начинают вызывать сопротивление людей, не желающих быть духовными рабами.
В-третьих, существует априорный (метафизический) метод. Согласно Пирсу, этот метод в плане рациональности превосходит предыдущие. "Исследование" в данном случае выступает как процесс формирования определенной теории. Но мода на ту или иную метафизическую теорию проходит. Пристрастия людей постоянно колеблются между материалистическими и спиритуалистическими теориями.
Только четвертый, научный метод способен объективно детерминировать наши мнения. В ходе осуществления исследования с помощью этого метода разные люди должны приходить к одним и тем же результатам. Основной гипотезой научного метода Пирс считает признание существования реальных вещей, свойства которых не зависят от наших мнений о них. Эти "реальности" воздействуют на органы чувств в соответствии с постоянными законами восприятия, что делает вещи познаваемыми. Метод науки предполагает обязательное согласие наших мнений с фактами.
Поскольку главное понятие научного метода — понятие "реальности" проясняется лишь во второй статье американского философа, то и более подробное объяснение данного метода также переносится в эту статью. Отметим лишь то, что он подчеркивает не только эпистемологическую, но и моральную сторону научного метода: успех в науке предполагает достойное моральное поведение, а преступник, как наивно полагал Пирс, вообще не может быть ученым.
Статья "Как сделать наши идеи ясными" начинается с воспроизведения и критики классического (логико-рационалистического) учения о ясности (как психологической узнаваемости) и отчетливости (возможности определения в абстрактных терминах) идей (понятий).
Пирс резко критикует ссылки философов на рациональную интуицию, считает кантовское понятие Вещи догматическим. По схеме Пирса, Декарт, который с помощью методического сомнения отбросил догмы схоластиков и стал искать истинные принципы в самом мышлении, совершил важный переход от метода авторитета к априорному методу. Однако французский философ доверился самонаблюдению и не показал отличия ясной идей от идеи, лишь кажущейся ясной. Хотя Лейбниц впоследствии и уточнил понятие отчетливости, но все свел к формальным дефинициям. Поэтому, убеждал Пирс, нам необходима подлинная ясность, а не ясность и отчетливость логиков-рационалистов.
Американский философ призывает использовать понятия "сомнение" и "верование" в самом широком смысле, фиксирующем возникновение и разрешение некоторой проблемы в мышлении. Мышление он трактует как определенным образом структурированную последовательность ощущений, проходящих в сознании. Как и в музыкальном произведении, части которого связаны определенной мелодией, также и в последовательности ощущений складываются системы отношений. Мысли — лишь одна из таких систем, главная функция которой — производство верований, а все, что не относится к данной функции, принадлежит другим системам отношений (например, проявления воли следуют за мыслями). Верование — это как бы полуритм, которым "заканчивается музыкальная фраза в симфонии нашей жизни". Оно есть то, о чем мы осведомлены, то, что успокаивает наше сомнение, то, что ведет к установлению некоторого правила действия — привычки. Значение наших мыслей и заключается в тех привычках к действию, которые они формируют. Цель же любого действия заключается в производстве ощущаемых результатов. Наша идея чего-либо — это идея его ощущаемых последствий. Поэтому Пирс считает абсурдным спор протестантов и католиков по поводу элементов священного причастия, ибо они ведь согласны в отношении чувственно-воспринимаемой стороны данного ритуала. В этом контексте американский философ и формулирует свое правило достижения третьей ступени ясности, которое более известно как "Принцип Пирса": "Если мы рассмотрим "практические последствия", которые, как мы полагаем, могут быть произведены объектом нашего понятия, то понятие об этих последствиях и будет нашим полным понятием об объекте". Позднее Джеймс неоднократно подчеркивал основополагающую роль "Принципа Пирса" для всей философии прагматизма.
