Тем не менее именно с Петра Абеляра спекулятивная философия теоретически осознанно обнаруживает себя как диалектическая рациональная теология. Магистр Петр предстает как теолог-новатор, который опосредовал результаты эксперимента текстом Священного Писания, с его помощью осуществляя проверку на истинность. Контролирующая функция такой проверки состоит не в отсылке к Богу вообще, а к конкретному месту авторитетного текста. Теология без этой двойственности критериев замкнулась бы на теоретические схемы платоников, пропагандируя только жестко реалистические схемы. При необходимости разъяснения оснований веры происходило теоретическое сжатие проблем, вырабатывались основные установки теологии как дисциплины: непримиримость к противоречиям, вера в разрешимость проблемы (связанной, например, с неясными местами догматики), осознание повтора как дисциплинарного преступления. При становлении теологии как дисциплины были выработаны основные критерии того, что в это время вместо привычного ars (искусства) начинает называться scientia (в будущем это разовьется в понятие науки). Фактически в текстах XI–XII вв. наблюдается процесс рождения науки из теологии. Они несут в себе зародыш будущей научной дисциплинарности, разрабатывая стандарты познавательной точности.
Диалектическая теология подверглась критике со стороны мистической теологии (Бернард Клервоский), которая первично основывалась на данностях внутреннего опыта, а не на логических аргументах. Тем не менее результаты обсуждения предмета теологии не замедлили сказаться при создании новых познавательных схем. Гуго Сен-Викторский в "Дидаскаликоне" ("Семь книг назидательного обучения") выявляет двухуровневую структуру теологии, разделив ее на "мирскую теологию" и "божественную теологию". Первая исследовала сущность Бога, впоследствии она была названа "естественной теологией"; вторая, считавшаяся высшей, исследовала Бога, воплощенного в Логосе и церковных таинствах. В будущем она стала именоваться "теологией откровения". Членение единой теологии надвое становится устойчивым. Это означает, что самому понятию естества, или природы, придается устойчивый характер, чего не было в античности, понимавшей под "природой" мир рождающихся и преходящих вещей или указание на генезис вещи. В развитом средневековье природа сакрализуется как время и пространство. Именно в XII в. образ Книги природы, появившийся значительно ранее, с одной стороны, становится поэтическим штампом, с другой — употребляется как отличие от Книги Библии (Алэн Лилльский, Раймунд Себундский). Подобного рода разделение вело к далеко идущим последствиям: поскольку у обеих Книг был один и тот же автор — Бог, "природа" начинает осознаваться как священный текст равного достоинства с библейским. Но если Библия адресована человеку, живущему не только в расчете на разум, но и на чудо, то сотворенная без посредников природа в последнем не нуждается. По сравнению с Тертуллианом, полагавшим человека наилучшей частью Божественного творения, поскольку Бог творил его собственноручно, в XII в. имеет место начало интеллектуальной переориентации. И хотя по-прежнему считается, что мир сотворен Богом ради Бога, потому внимание должно быть направлено на мир иной, на идею спасения, все же очевидно стремление познать и понять плоть мира как самоценность. Уже Фома Аквинский полагает, что мир создан ради человека.
Третий этап развития теологии по времени совпал с освоением "Физики" и "Метафизики" Аристотеля (в которых рассматриваются проблемы перводвигателя и сущности) и арабской философии. Анализ идей Аристотеля, Авиценны и Аверроэса привел к появлению доктрины двух истин (Сигер Брабантский, Боэций Дакийский), согласно которой истины разума, требующие доказательства, не соответствуют истинам веры, опирающимся на Откровение. Это окончательно разделило теологию и философию. Опираясь на упомянутые трактаты Аристотеля, аверроисты доказывали совечность мира и Бога, невозможность божественного вмешательства в дела мира. Эти идеи в значительной степени способствовали развитию научного познания, основанного на аргументации и эксперименте.
Фома Аквинский, хотя и утверждал автономию философии, пытался, однако, найти общие основания веры и разума.
