В его карманах нашли фунт пороха, пять пуль, пузырёк с синильной кислотой, порошки стрихнина и морфия и две (в этом источнике ДВЕ) прокламации «Друзьям-рабочим». На следующий день им занялась комиссия под председательством П. П. Лан-ского, учреждённая в 1862 году для расследования политических преступлений. «Пытали непрерывными допросами днём и ночью, не давая уснуть. Пригласили священника, и тот несколько часов уговаривал арестованного назвать себя. Арестант сделал попытку перекусить себе вену на руке, после чего его заковали в кандалы. Он отказался от еды, и ему насильно вливали жидкую пищу через трубку.
Через 2 дня после ареста Ишутина привезли в Петербург, где на очной ставке Ишутин признал в стрелявшем своего двоюродного брата Дмитрия Владимировича Каракозова. Каракозов (рождения 1840 года, 23 октября) учился в Казанском, потом в Московском университетах. В Москве поселился в квартире Н. А. Ишутина.
Ишутин ещё в сентябре 1863 года организовал революционный кружок. Члены кружка занимались распространением социалистических идей Чернышевского. В 1865 г. стали именовать себя Организацией. В конце 1865 в организации образовался руководящий центр под названием Ад (ну да, именно так, АД, простенько). Центр возглавили Ишутин (как Каракозов, рождения 1840 года) и Каракозов.
Группа АД (о ней члены «Организации» не знали) обсуждала возможность убийства царя с целью вызвать возбуждение в народе. Решительнее всех высказывался, пожалуй, Ишутин. Он, кстати, воспитывался в семье Каракозовых.
Часть организации ишутинцев была раскрыта, а часть перешли позднее и работали в нечаевских кружках (Сморгонская Академия, к примеру).
Каракозов, скрыв эти поездки даже от Ишутина, в феврале 1866 года дважды уезжал в Петербург и там пытался отследить царя.
В конце марта 1866 года Каракозов вернулся в Москву и попытался убедить товарищей в необходимости убийства царя. Все решительно якобы осудили (на основании последующих показаний) подобный план. Скорее всего, это была ложь, сказанная для жандармов. Один из ишутинцев: «Смертью царя воспользуется только сильная партия, а мы — совершенно ничтожный кружок, для которого был бы один вред и никакой пользы».
Не так уж ишутинцы были ничтожны, как себя изображали. У них были организации в Москве, Петербурге, Саратове, Калужской губернии, в Нижнем Новгороде. Они помогли бежать польскому повстанцу Домбровскому (впоследствии генералу Парижской коммуны) из ссылки в Сибири.
Каракозова нёс поток жандармских уложений. Из тюрьмы III Отделения его перевели в Алексеев-ский равелин Петропавловской крепости. В камеру к нему посадили двух жандармов, они, сменяясь, мешали Каракозову спать.
Известно о его попытке покончить с собой, бросившись в канализационный люк.
3 сентября 1866 года в 6 утра из ворот Петропавловской крепости в окружении конных жандармов выехала открытая колесница. Каракозов сидел спиной к лошади, был прикован к высокому деревянному сиденью чёрной телеги. (Мы понимаем, что бутафория того времени была склонна к оперному романтизму, ну прямо Шиллер и его «Разбойники», в то время как сегодняшняя бутафория полицейщины склонна к техницизму.)
Одет Каракозов был в серый арестантский халат и чёрную шапку, на груди висела дощечка с надписью «Цареубийца». Такие же будут висеть на груди народовольцев через 15 лет, 1881-м.
Колесница остановилась у эшафота. Эшафот был установлен на Смоленском поле Васильевского острова (где ныне стоит Дворец культуры имени Кирова). Эшафот окружали войска, за войсками теснился всегда любопытный народ.
Палач — рыжий мужик без шапки, в красной рубахе, освободил Каракозова от оков. Почти на руках палач и жандарм втащили осуждённого на эшафот и поставили под петлю виселицы. После чтения приговора и напутствия священника палач снял с Каракозова арестантский халат и надел на него мешок с длинными рукавами, накинул на шею петлю и под барабанный бой удушил Каракозова, подняв его тело веревкой, пропущенной через блок.
Тело Каракозова висело до ночи. Ночью труп сняли и зарыли на острове Голодай.
Ишутину вынесли тоже смертный приговор. Шестерых ишутинцев оправдали, остальных (сколько было остальных?) приговорили к ссылке или заключению в крепость.
4 октября Ишутина доставили туда же, на Смоленское поле, вместе с десятью его товарищами.
Ишутина поставили под виселицу, палач надел белый саван. Остальных осуждённых поставили к позорным столбам, с целью совершить над ними гражданскую казнь. Секретарь суда прочёл приговор.
Ишутину надели петлю на шею. Так его продержали несколько минут. Затем появился фельдъегерь (я же говорю — всё ещё невозможно старомодно, исполнено под романтические спектакли) и объявил о помиловании — о пожизненной каторге.
Ишутина отправили было в Сибирь, но с дороги вернули и заточили в Шлиссельбургскую крепость. Через два года его вновь отправили в Сибирь, где он прошёл через «Шилку, и Нерчинск, и горы Ака-туя», убил такого же каторжника и умер 1879 году в тюремной больнице.
