С помощью кооператива «Наш дом» по проекту дизайнера С. И. Чигинцева (председатель Николаевского отделения союза дизайнеров Украины) в главном корпусе УГМТУ была создана новая экспозиция. Музей был вновь открыт в мае 1991 года.
За последующие годы экспозиция расширилась:
— оборудован штурманский стол корабля (карты, прокладочный инструмент, секстан, протрактор, гониометр и пр.);
— изготовлены андреевский и украинский военно-морские флаги;
— собраны и включены в экспозицию фрагменты керамики из древнегреческого г. Ольвия;
— создана иллюзия присутствия экскурсанта на корабле (звучит запись шумов моря, криков чаек, светятся ходовые огни и т. п.);
— собраны и размещены в экспозиции материалы о кругосветном плавании институтской яхты «Икар» (капитан Б. С. Немиров).
В 2001 г. музей завоевал первое место среди общественных музеев города и области в смотре, проводимом мэрией г. Николаев.
В 2004 году был выполнен ремонт помещений музея и его частичная реконструкция. В холле музея создан макет мачты парусного корабля и выполнен фриз из красочных панно по истории флота. Разработан дизайн-проект реконструкции холла. В экспозиции значительно расширен штурманский уголок.
Силами научно-исследовательской части и музея НУК с 14 по 16 апреля 2004 года проведена областная научная конференция, посвященная памяти адмирала С. О. Макарова и его друга художника-баталиста В. В. Верещагина (к 100-летию их трагической гибели). Конференция была совмещена с возобновлением макаровских чтений, которые традиционно проводились многими ВУЗами кораблестроительного профиля в течение многих лет. Инициаторами конференции в НУК были:
Николаевская областная государственная администрация: Министерство образования и науки Украины; Национальный университет кораблестроения им. адмирала Макарова;
Николаевский художественный музей им. В. В. Верещагина. В рамках этой конференции проведена научно-техническая конференция профессорско-преподавательского состава НУК (макаровские чтения). На планерном заседании и в работе 35 секций приняли участие представители: облгосадминистрации г. Николаева;
Киевского музея русского искусства; музея судостроения и флота г. Николаева; художественного музея им. В. В. Верещагина г. Николаева; Очаковского музея им. Г. Г. Судковского;
Харьковского областного архива;
Херсонского музея им. О. Шовкунского;
Пушкинского клуба;
Херсонского морского университета;
Николаевского краеведческого музея; мемориального музея адм. Макарова при НУК; областной универсальной научной библиотеки им. Н. Гмырева, г. Николаев;
научно-технической библиотеки НУК.
В 35 научных секциях было заслушано 474 доклада профессорско-преподавательского состава, аспирантов НУК и ряда других ВУЗов Украины.
1. Аппендикс — кормовая оконечность ограждения боевой рубки (народный термин).
2. Бакштаг — снасть стоячего такелажа, раскрепляющая мачту с носа и кормы.
3. Балясина — поперечная планка (ступенька) трапа.
4. Барк — морское парусное транспортное судно (3–5 мачт) с прямыми парусами на всех мачтах, кроме кормовой (бизань-мачты), несущей косые паруса.
5. Бимс — элемент набора корпуса корабля.
6. Ватервейс — на подводной лодке это желоб, где примыкает к прочному корпусу обшивка балластных цистерн в верхней их части. Вода, стекающая с прочного корпуса, отводится в море через трубы, привариваемые вверху балластных цистерн в районе ватервейса.
7. Губа — название морских заливов, далеко заходящих в сушу. Понятие распространено на севере европейской части России. В Норвегии — фиорд (фьорд).
8. Губа — в обиходе сокращённое название гаупвахты.
9. Гальюн — свес в носовой части парусного судна, на котором устанавливалось носовое украшение. На этом же месте по бортам устанавливались отхожие места для экипажа. В настоящее время гальюном называют туалеты на судах и кораблях, независимо от их расположения.
10. Гини — тали с увеличенными размерами блоков, числом шкивов и тросов (лопарей). Гини имеют как минимум два 3-шкивных блока или 2- и З-шкивных блока. Используется для подъёма тяжёлых грузов.
11. Гюйс — крепостной флаг, поднимаемый на носовом гюйс-штоке кораблей 1-го и 2-го рангов при постановке на якорь или швартовы. Гюйсом на флотском жаргоне называют синий с полосками воротник форменной рубахи.
12. «Живучесть бдеть», то есть заступить дежурным по живучести соединения подводных лодок.
13. Клотик — верхняя оконечность мачты.
14. Комингс — высокий порог проёма в отсечной переборке для переборочной двери.
15. Кранец первых выстрелов — специальный ящик для хранения боезапаса, используемого в первый момент боя, а затем боезапас подаётся уже из артпогреба.
16. Кэп — капитан судна (сокращенное обиходное).
17. Кингстон — клапан, запорное устройство на приёмном трубопроводе забортной воды. Относится к донной забортной арматуре.
18. Конец — так на флоте называют короткий отрезок растительного троса. Шуточно самым коротким концом на корабле считают рында-булинь, с помощью которого приводят в действие рынду — корабельный колокол.
