В начале восьмидесятых Меркьюри сменил длинные волосы и женственную сценическую одежду на другой характерный имидж. Он коротко подстригся, отрастил усы и предпочитал носить одежду из кожи. По этому стилю безошибочно определялись его сексуальные пристрастия. Однажды Меркьюри признался своему другу, что он мечтает встретить кого-то, похожего на американского актера Берта Рейнольдса. К несчастью для Меркьюри, актер был гетеросексуалом.
Фредди гордился своими физическими данными. Когда он замечал, что кто-то косится на выпуклости в его штанах, он говорил: «Это не бутылка из-под „колы“, это все мое».
Однако в интервью Меркьюри никогда прямо не признавался в своих наклонностях. Он туманно говорил, что у него отношения «как с мужчинами, так и с женщинами». Обычно он говорил еще и следующее: «Если это кому-то интересно, то пусть узнают сами. Они могут думать что угодно о моем бисексуальном имидже. Я хочу, чтобы меня окружала тайна». Большинство из его поклонников или не подозревали о его гомосексуальных связях, или же отказывались верить слухам. А для многих поклонниц он был идеалом потенциального мужа. Одна из них заявила: «Он моя мечта. Его не видят с девушками на людях, потому что у него есть любимая, которую он хочет уберечь от назойливого внимания. Но если он ее оставит, я с удовольствием займу ее место. Он такой трепетный и обаятельный».
Почему Меркьюри никогда не признавался, что был гомосексуалистом, отшучивался и уходил от ответа, мы никогда не узнаем. Некоторые считали, что он не хотел обидеть своих глубоко религиозных родителей. Другие — что, будучи скрытным, он никогда никого не посвящал в детали своей жизни. Доказательством тому служат немногочисленные интервью, в которых он рассказывал о своей личной жизни. Третьи же считали, что, как истинный бизнесмен, Фредди решил не, афишировать свои пристрастия, так как это может отторгнуть от него часть поклонников. В Америке во время одного из концертов публика забросала его безопасными лезвиями. Так она отреагировала на изменение внешности, с головой выдававшее в нем гея.
Эти чувства усилились, когда в Америке был показан клип «I Want To Break Free», где музыканты были одеты в женские платья. Брайан Май сказал по этому поводу: «Все в Британии приняли клип как шутку. В Америке же он не имел успеха и был воспринят как оскорбление».
Один из «голубых» друзей Меркьюри отрицает, что у певца были проблемы, связанные с сексуальными наклонностями: "Я много общался с Фредди и никогда не замечал, что его заботит собственная секс-ориентация. Я восхищался им, потому что он никогда не принимал это близко к сердцу, как многие другие, никогда не стыдился. Он считал: «Мне нравятся мужчины, ну и что?»
Пол Прентер, менеджер Меркьюри в течение девяти лет, вплотную наблюдал за его жизнью. (Он также умер от СПИДа — за три месяца до смерти Меркьюри). Прентер продал газете «Сан» свои воспоминания о Меркьюри, чем привел его в негодование. Он рассказал газете о том, как Меркьюри любил посещать гей-бары и клубы и возвращался домой в семь утра и редко — один.
По словам Прентера, для поддержания сил Меркьюри я употреблял кокаин. Причем любил это делать в компании. Еженедельно на наркотик у него уходило по пятьсот фунтов. Прентер утверждал, что за все время, пока он работал с Меркьюри, тот не переспал ни с одной женщиной. Он также поведал о том, что двое бывших любовников Меркьюри — Тони Бастин, которого он встретил в гей-клубе в Брайтоне, и Джон Мерфи, стюард (с ним Меркьюри познакомился в самолете на пути в Нью-Йорк), — умерли от СПИДа. После их смерти Меркьюри запаниковал в ожидании той же участи. Он поделился своими опасениями с Прентером.
После того как в 1985 году Меркьюри внезапно покинул Мюнхен, он, по словам Валентин, совершенно изменился. Загулам в клубах и барах он предпочитал уединение в своем доме в Кенсингтоне. Многие из его друзей были озабочены переменой. Меркьюри объяснял это так: «Я человек крайностей. Легко меняю черный цвет на белый. Я не люблю что-то среднее. Серый никогда не был моим любимым цветом».
После безумных похождений он обосновался в своем лондонском доме и постепенно начал отгораживаться от всего мира. Там, вместе со своим преданным и последним другом Джимом Хаттоном, ему предстояло закончить свою жизнь.
Немногие женщины вошли в жизнь Фредди Меркьюри. Мэри Остин, бывшая управляющая магазином, была, пожалуй, единственным исключением. Изящная блондинка, Мэри была для него скорее близким другом. Они встретились в начале семидесятых, и их дружба продолжалась вплоть до трагической смерти Меркьюри. Их судьбы пересеклись в магазинчике под названием «Биба», расположенном на улице Кенсингтон-Чёрч недалеко от киоска, в котором работал Меркьюри.