По словам Гапона, важную роль в его увольнении сыграл Аничков, превратившийся из друга во врага. Возможно, он не без ревности относился к гапоновским светским успехам. Так или иначе, Николай Милиевич не удовольствовался увольнением строптивого священника с обоих мест прежней службы. Вероятно, жалобы «анонимных защитников» тоже сыграли обратную ожидаемой роль. Ответом стал доклад Иннокентию, епископу Нарвскому и викарному Петербургскому, замещавшему в то время митрополита Антония. В результате Гапон потерял и новую службу в Красном Кресте. Более того, он был запрещен в служении и исключен из Духовной академии. Формальный повод для исключения был налицо — Гапон, увлеченный, с одной стороны, борьбой с попечительским советом, с другой — проектами обустройства зимогоров, с третьей — любовью к Александре, не сдал переходных экзаменов. Вероятно, он рассчитывал, что ему позволят сделать это осенью — или по крайней мере снова, как три года назад, оставят на второй год по состоянию здоровья.
Все, чего добился Георгий Аполлонович к тридцати двум годам — а добился он многого! — пошло прахом. Еще чуть — и пришлось бы, навсегда забыв про честолюбивые мечтания, возвращаться в земские статистики. Благо новая спутница его привыкла к скромной жизни.
Но Аничков же нежданно для себя Гапона спас. Для верности он решил пожаловаться на него еще и в охранное отделение Департамента полиции, охранку, политическую полицию тогдашней России.
К Гапону послали Николая Николаевича Михайлова, чиновника особых поручений при Департаменте полиции, зубного врача по образованию, в прошлом — секретного сотрудника, разоблаченного и сменившего негласную службу на гласную. В любых интеллигентских кругах — сколь угодно правых — господина вроде Михайлова встретили бы с некоторой осторожностью, если не брезгливостью. Но Гапон был эмоционально открыт людям, любым людям. А Михайлов, человек опытный и тонкий, всю жизнь работавший не с простодушными бомбистами, а с образованными болтунами, сумел оценить этого энергичного харизматика и возможности его использования в охранительном деле. Николай Николаевич пустил в ход расхожие приемы, общие для всех спецслужб мира: отнесся к собеседнику «с большим вниманием и дружелюбием, высказав при этом свое сочувствие освободительному движению».
Михайлов посоветовал Гапону сходить на прием к митрополиту Антонию, вернувшемуся в Петербург. И — о чудо! — всё отыгралось назад. Судя по всему, митрополит получил совет, которому не мог не последовать. Гапон был восстановлен в сане и смог вернуться в академию. Но это уже отдельный разговор.
С академией было так.
3 сентября 1902 года Гапон подал прошение об оставлении на второй год на третьем курсе, представив свидетельства о болезни. На сей раз начальство не расположено было идти навстречу, и студент постановлением педагогического комитета от 16 сентября был отчислен.
Видимо, примерно в это время и состоялся визит к Гапону Михайлова.
В официальном ходатайстве Антонию, поданном уже в октябре, Гапон просит разрешения «додержать этой весной экзамены по нескольким предметам третьего курса» и в следующем году пройти четвертый курс. «Додерживать же экзамены и проходить 4 курс в этом году для меня нет разумных оснований: я уже не успею более или менее обстоятельно справиться со своей темой по священному писанию».
Антоний решил по-другому: 16 октября он разрешает Гапону додержать экзамены в течение месяца, с тем чтобы окончить академию в этом году. Судя по всему, послать василеостровского харизматика на все четыре стороны митрополит не мог (одно влиятельное светское ведомство настоятельно попросило его этого не делать), но хотел расстаться с ним как можно скорее.
Гапон не стал спорить. Экзамены он выдержал более или менее успешно: по пастырскому богословию — 4,75 балла, по истории и разбору западных вероисповеданий — 3,75, по остальным предметам (патристика, история и обличение русского раскола, русская церковная история, Ветхий Завет) — 4 балла. На четвертый курс он был переведен тридцать пятым из пятидесяти двух студентов: лучше, чем со второго на третий.
