Главную роль в массовой резне играли фанатичные члены исламистских организаций. Известно, что списки коммунистов предоставлялись им агентами ЦРУ. То есть, уже тогда Соединенные Штаты, заинтересованные в свержении антиамериканского режима Сукарно и уничтожении индонезийской компартии, использовали фундаменталистов в качестве исполнителей «грязной работы». Коммунистов убивали ножами — «парангами», причем жертвами расправ становились не только активисты партии, но и все члены их семей — даже дети. Трупы бросали на дорогах, в провинциях Восточной Явы отрезанные головы водружали на шесты. Это привело к росту эпидемиологических проблем в целом ряде провинций страны, прежде всего — в цитаделях индонезийского фундаменталистского ислама — Восточной Яве и Северной Суматре.
Массовое убийство коммунистов имело место и на острове Бали, где традиционно проживают индонезийские индуисты. Здесь, в силу отсутствия значительного количества мусульманского населения, антикоммунистическую резню возглавили представители высшей индуистской касты, которые призывали к убийствам коммунистов, покушавшихся на основы традиционного кастового общества. Однако, коммунисты смогли оказать воинствующим индуистам сопротивление и лишь помощь прибывших парашютно-десантного полка коммандос и дивизии «Бравиджайя» помогли индуистским землевладельцам завершить уничтожение коммунистической партии на Бали.
Помимо миллиона убитых, до двух миллионов человек были брошены в тюрьмы и концентрационные лагеря. Жертвами геноцида также стали и представители китайского населения. В Индонезии, равным образом, как и в большинстве других стран Юго-Восточной Азии, проживала внушительная китайская диаспора. Китайцы играли важную роль в торговле, бытовом обслуживании населения, в связи с чем воспринимались крестьянами и городскими люмпенизированными слоями как эксплуататоры и перекупщики. Естественно, что погромы сопровождались мародерством китайских магазинов, лавок, мастерских, грабежами и убийствами китайских семей. Власть антикитайским настроениям не особо препятствовала, поскольку было известно, что КНР поддерживает Компартию Индонезии и может действовать через многочисленную китайскую диаспору.
