К этому времени относится и факт построения и заселения Тучковым целого города в Бессарабии (1500 домов и лавок), без всяких издержек для казны. В награду за это Сенат постановил дать городу название «Тучков» в память потомству по имени учредителя (в середине XIX века вошел в черту города Измаила).
Когда началась Отечественная война 1812 года, Сергей Алексеевич находился еще в турецком походе, поэтому принимал участие только во второй ее половине. Он был назначен на ответственный пост дежурного генерала Дунайской армии, под командованием Чичагова.
В конце 1812 года в Минске Сергей Тучков был отдан под суд и отстранен от занимаемой должности. Можно предположить, что подлое обвинение, которое выдвинул против него Адам Чарторыжский, не обошлось без участия злопамятного Аракчеева.
Вражда графа Аракчеева с семьей Тучковых началась еще с 1799 года. По свидетельству П. Т. Коломийцева, в сентябре этого года в арсенале была совершена кража. На часах стоял батальон брата Аракчеева, генерал-майора Аракчеева 2-го. Расследование дела император Павел I поручил Аракчееву. Тот скрыл истинное положение дел и обвинил в «недоглядении» ни в чем не повинного командира другого батальона. Имя его осталось для нас неизвестным. Государь же удалил этого честного человека со службы. Но отставной оказался не трусливым и при помощи Сергея Алексеевича, который никогда не мирился с подобного рода несправедливостями, добился того, что Павел I узнал правду. 1 октября 1799 года вышел следующий царский приказ: «Генерал-лейтенант граф Аракчеев 1-й за ложное донесение о беспорядках отставляется от службы, генерал-майор Аракчеев 2-й за случившуюся покражу в арсенале его батальоном отставляется от службы».
Трудно представить истинное участие в этом деле С. А. Тучкова, но, по-видимому, оно было существенным, если, вернувшись к власти, граф Аракчеев в царствование Александра I чинил всякие препятствия, а в двенадцатом году по ложному обвинению отдал его под суд.
Тучков обвинялся в том, что якобы войска, бывшие в его корпусе, разграбили имение польских князей Радзивиллов, а Тучков лично захватил у «жертвы» 10 миллионов злотых. Расследование длилось более 12 лет, было доказано, что «всем вещам и деньгам, отобранным по приказанию генерала Чичагова у Радзивиллов, была составлена опись, которая вместе с имуществом представлена тогда же Тучковым командующему Дунайской армии генералу Чичагову».
Странно то, что генерал Чичагов к делу привлечен не был и в 1814 году уехал за границу. На все время судебного разбирательства Тучков перебирается в город, основанный им, и живет там в опале до своего оправдания, которое совпало со смертью Александра I, в 1825 году.
За время опалы С. А. Тучков издал «Военный словарь», содержащий «Термины инженерные и артиллерийские, которые необходимо знать генералу для точных приказаний». В 1816–1817 годах изданы «Сочинения и переводы» в 4-х частях. В издание вошли переводы од Горация, трагедий Еврипида, Фебра, Афалия, Ореста и собственные сочинения: басни, сонеты, хоры, стихи и стансы, написанные Тучковым более чем за 20 лет. Среди басен есть одна, касающаяся Аракчеева: «Кокушка и Скворец». Кокушка спрашивает Скворца, что о ней говорят в народе?
— Ничего, — отвечает Скворец, — похоже, что о тебе не знают.
— Ах так! — сказала Кокушка, — так я теперь буду везде повторять свое имя, без конца. Ку-ку, ку-ку, ку-ку.
Есть один малоизвестный, но замечательный факт в жизни Сергея Алексеевича Тучкова.
В 1821 году, когда он безвинно осужденный жил в городе Тучкове, Бессарабию посетил А. С. Пушкин. В Измаиле Пушкин долго бродил по местам, связанным с суворовским штурмом, и посетил «крепостную церковь, где есть надписи некоторых убитых на штурме».
В этом же городе на обеде у Славича он познакомился с генерал-лейтенантом С. А. Тучковым. Пушкин провел с ним весь день, весь вечер, «домой явился только в десять часов», перед ночью, и о чем они беседовали с генералом, осталось неизвестным. Знакомый Пушкина И. П. Липрапди, сопровождавший его в поездке, писал в своих воспоминаниях, что Пушкин «был очарован его (Сергея Тучкова. —
Можно предположить, что А. С. Пушкин от Тучкова узнал подробности о Радищеве, с которым Сергей Алексеевич был знаком по «обществу друзей словесных наук» в Петербурге, а также о царствовании Екатерины II, Павла I и обстоятельствах убийства последнего.
Император Николай I вспомнил старого и верного воина и в память о его заслугах наградил званием генерал-лейтенанта и орденом Белого Орла за участие в турецкой войне 1828 года и за отличную службу градоначальника Измаила. Когда Сергею Алексеевичу было 63 года, он стал сенатором. Физические и душевные раны давали себя знать. В 1834 году он покидает службу, а вскоре и Измаил. Переселяется в Москву, поближе к единственному, оставшемуся в живых изо всей семьи брату Павлу Алексеевичу, и в 1839 году умирает. Похоронен в Новодевичьем монастыре.
