Юровский готовится к убийству тщательно. Одиннадцатого июля он вместе с Ермаковым бродит возле деревни Коптяки, в районе Ганиной Ямы, подыскивая место для тайного захоронения. 15 июля Юровского встречают в этих местах еще один раз. П. Л. Войков подготавливает серную кислоту, керосин, спирт, сукно для заворачивания трупов, привлекается «специалист» по сжиганию — некто Павлушин. На окнах устанавливаются решетки.
Еще 4 июля Юровский переписывает все царские драгоценности и оставляет их на столе в опечатанном ящике, предупреждая царскую семью, что будет приходить и проверять ежедневно.
Конечно, работа ведется не одним Юровским. Для подготовки убийства создается специальная комиссия. Об этом пишет в своей автобиографии председатель Уральской областной ЧК Федор Лукоянов. В комиссию входили, кроме Лукоянова-Шая Голощекин, Сафаров, Войков, Сосновский, Белобородое, Быков и, возможно, другие лица. «На предварительном совещании в областном Совете, — писал П. Быков, — был намечен порядок расстрела и способ уничтожения трупов».
Судя по всему, с самого начала разрабатываются несколько вариантов убийства. Уже в 60-е годы было установлено, что Уральской ЧК тогда были сфабрикованы несколько писем по-французски с предложением Николаю бежать из заключения за подписью «офицер». Составил эти письма Пинхус Лазаревич Войков, так искусно, что царь им даже поверил. По-видимому, прорабатывался вариант «побега». Чекисты хотели спровоцировать царя на побег, добиться того, чтобы он ответил согласием этому фальшивому «офицеру», а затем организовать спектакль с бегством, во время которого ликвидировать царскую семью, предъявив всем письменные доказательства заговора. Царь на провокацию не поддался. И поэтому оставалось только прямое убийство.
Прямое убийство подготавливалось также в нескольких вариантах. Среди команды было проведено что-то вроде «конкурса» на «лучший» вариант.
«Получив распоряжение от Юровского подумать о том, как лучше провести казнь, — пишет Нетребин, — мы стали обсуждать вопрос. Не помню, кто-то из нас предложил следующее. Запереть заключенных в комнату угловую, она была занята ими же, и бросить две бомбы. Так мы и решили. Чтобы решить, кому кидать бомбы, мы бросили жребий. Жребий выпал на двоих: старшему латышу и мне. День, когда придется выполнить казнь, нам был неизвестен, но все же мы чувствовали, что скоро он настанет. Прошло несколько дней. Мы снова обсудили о методе казни и решили его изменить. Мы решили расстрелять из наганов в находящейся внизу комнате».
16 июля из Москвы через Пермь «была получена телеграмма на условном языке, содержащая приказ об истреблении Романовых» — сообщает в своих воспоминаниях Юровский. Хотя у него и говорится о телеграмме из Перми, но ясно, что пермские органы, подчинявшиеся Уралсовету, не могли ему приказывать, следовательно, приказ шел из Москвы через Пермь.
В 6 часов вечера Голощекин, как главный руководитель этого преступления, дает указание Юровскому привести приказ в исполнение.
Команда уже готова, в нее входят сам Юровский Я. X., Ермаков П. З., Медведев П. С., Никулин Г. П., Ваганов С. и семь иностранных наемников.
За их спиной стоят охранники из караульной команды Стрекотин, Нетребин и др. Угловую комнату в подвальном этаже (что как раз под княжнами) освобождают от мебели. Эту комнату забирают не случайно, а потому, что в ней одна стена с деревянной оштукатуренной перегородкой. Это позволяет избежать пулевых рикошетов. Команда убийц прячется в смежной комнате и затихает. Но возникает задержка: Ермаков, которому, кроме участия в расстреле, поручено «спрятать трупы так, чтобы никто не нашел», опаздывает на полтора часа. Наконец Ермаков приехал: машина с работающим мотором поставлена во дворе, ее шум и хлопки должны заглушить выстрелы и крики.