В 1811 г. было обнародовано подготовленное Сперанским «Общее учреждение министерств», которое увенчало министерскую реформу, начатую в 1802 г., когда старые петровские коллегии были заменены новой европейской формой высшей исполнительной власти — министерствами. Теперь дела по каждому ведомству решались не «коллегией» во главе с ее президентом, а единолично министром, ответственным только перед императором. Если первоначально, по положению 1802 г., структура и функции министерств еще не были четко определены, то новый закон 1811 г. строго разграничивал компетенцию министерств, увеличивал их численность (с 8 до 12), устанавливал принцип единоначалия и регламентировал взаимоотношения министерств с другими органами высшего государственного управления — Сенатом, Комитетом министров и Государственным советом. Реорганизованное таким образом при Александре I центральное управление просуществовало, с небольшими изменениями, вплоть до 1917 года.
Преобразовательная деятельность Сперанского вызвала недовольство в реакционных придворных кругах; вокруг него плелись интриги. До Александра I доходили слухи, муссируемые придворной средой, о «неблаговидных» отзывах о нем Сперанского. Самолюбивый император почувствовал себя оскорбленным, но не подавал виду; более того, стал демонстративно оказывать Сперанскому знаки своей «благосклонности», а это, как знали по собственному опыту придворные, служило верным признаком приближавшейся опалы. 1 января 1812 г. тот был удостоен ордена Александра Невского. А 17 марта 1812 г. он был вызван на аудиенцию к императору. После двухчасовою конфиденциального разговора Сперанский вышел из кабинета императора «в великом смущении». Дома он застал министра полиции А. Д. Балашова с помощником, которые опечатывали его бумаги. У дома уже стоял возок для отправки Сперанского в ссылку. Сначала его отправили в Нижний Новгород, но затем по новому доносу перевели в более далекую ссылку — в Пермь.
Падение Сперанского вызвало в придворных кругах бурю восторга. Некоторые даже удивлялись «милосердию» царя, не казнившего этого «преступника, изменника и предателя». Уверяли, что «этот изверг хотел возжечь бунт во всей России, дать вольность крестьянам и оружие для истребления дворян». Разумеется, все это было чистейшим вздором. Сам Александр I был убежден в невиновности ссыльного, но решил принести его в жертву, чтобы погасить растущее недовольство дворянства. Сперанский считал, что «первой и единственной» причиной его опалы явился слишком смелый план преобразований.
На следующий день после удаления Сперанского Александр говорил А. Н. Голицыну: «Если бы у тебя отсекли руку, ты наверно кричал бы и жаловался, что тебе больно; у меня прошлой ночью отняли Сперанского, а он был моею правою рукою!» Как вспоминал Голицын, «все это было сказано со слезами на глазах». Позже графу К. В. Нессельроде Александр объяснял: «Обстоятельства заставили меня принести эту жертву общественному мнению». Через четыре года Сперанский был «прощен», назначен сначала пензенским губернатором, а в 1819 г. — генерал-губернатором Сибири, где провел ряд административных реформ. В 1822 г. он был возвращен в Петербург, назначен членом Государственного совета, получил значительные земельные пожалования. Николай I сначала относился с подозрением к Сперанскому за его «былые либеральные увлечения» и за «связи» с декабристами, но после «нашел в нем верного и исполнительного слугу». Сперанский был введен в состав Верховного уголовного суда над декабристами, в котором играл видную роль, провел кодификацию законов Российской империи, за что был возведен в графское достоинство.
Начало XIX века в Европе было ознаменовано полосой наполеоновских войн, в которые были вовлечены все европейские страны и народы, в том числе и Россия. В 1803 г. началась подготовка Наполеона к вторжению в Англию. Британское правительство энергично сколачивало новую европейскую коалицию против Франции, чем помогли и вызывающие действия самого Наполеона. По его приказу в 1804 г. в Бадене был схвачен и затем расстрелян принадлежавший к французскому королевскому дому герцог Энгиенский, подозревавшийся в заговоре против Наполеона. Это событие вызвало взрыв негодования всех европейских монархов, однако лишь Александр I заявил официальный протест. В Петербурге был демонстративно объявлен траур, а Наполеону направлена нота протеста против «пролития венценосной крови». Наполеон ответил вызывающим посланием, в котором говорилось, что и в самой России была пролита «венценосная кровь», и пусть Александр I позаботится схватить и наказать убийц своего отца. Это было прозрачное и публичное обвинение самого Александра.
