Широкий размах приобрела боевая деятельность подпольных организаций. 29 апреля 1942 года каунасские подпольщики пустили под откос воинский состав с живой силой. Катастрофа приняла такие размеры, что гитлеровцам пришлось в течение недели ликвидировать её последствия. Комсомольцы–подпольщики Каунаса в октябре 1942 года подожгли фабрику, изготовлявшую сборные бараки для гитлеровской армии; на подъездных путях фабрики «Майстас» перевели стрелку и столкнули поезд с вагонами, стоявшими на запасном пути. Во время воздушной тревоги они подожгли на железнодорожной станции три вагона с воинскими грузами. С 1942 года в Вильнюсе активно действовала подпольная организация во главе с коммунисткой С. Мадейскер и комсомольцами А. Кунигенасом и В. Сенкевичем. Члены организации подожгли воинский склад, взорвали несколько паровозов и железнодорожный состав.
С досадой оберштурмбанфюрер Крис докладывал своему начальству о случае, происшедшем 23 марта 1942 года, во время налёта советской авиации на Вильнюс: «…достоин особого внимания факт, подмеченный многими немецкими сотрудниками в различных наших отделениях города: красными светящимися пулями были поданы с земли сигналы нападающим самолётам, которые после этого метко сбрасывали свои бомбы».
Подпольные организации в борьбе против оккупантов и их пособников прибегли и к террору. В Каунасе, Вильнюсе, Шауляй и других городах были созданы боевые тройки, специально занимавшиеся истреблением врагов. И нередко не возвращался в свою часть фашистский офицер, прекращал своё грязное дело гестаповский агент.
В Вильнюсе боевые тройки возглавлял член подпольного горкома партии М. Корабликов. Под его руководством уничтожались гитлеровцы и местные фашисты, совершались крупные диверсии: были выведены из строя городская электростанция, железнодорожное депо и другие предприятия.
В течение всего времени вражеской оккупации литовские подпольщики одной из своих главных задач считали политическую работу в массах. Через газеты, листовки и устные беседы они разоблачали фашистскую пропаганду, антинародную сущность мероприятий оккупантов, предательство буржуазных националистов, освещали успехи Красной Армии и партизан, указывали массам конкретные пути борьбы с захватчиками.
Особенно усилилась политическая работа подпольщиков в массах после образования руководящих партийных центров, имевших типографии и непосредственно связанных с советским тылом. Оперативная группа ЦК КП(б) Литвы в 1943 году начала издавать газету «Партизан Литвы», оперативная группа ЦК ЛКСМ Литвы — газету «Потомок Грюнвальда». Газеты выпускали и многие укомы партии, например, Биржайский уком партии — газету «Борец свободы», Тракайский — «Партизанский клич», позже «Тракечю шукис» («Призыв тракайцев»). Резко возрос выпуск подпольщиками листовок и обращений к населению. Их активно распространяли комсомольско-молодёжные группы. Комсомольцы–подпольщики Каунаса и некоторых других городов сделали штампы «Смерть немецким оккупантам!» Неизменно появляясь на объявлениях и приказах захватчиков, эти надписи ободряюще действовали на население, приводили в неистовство оккупантов. Гитлеровцы потеряли самообладание, когда однажды, в 1943 году, в передачу фашистского радио на литовском языке вдруг ворвались слова: «Смерть немецким оккупантам!» Это начала работать коротковолновая радиостанция каунасских подпольщиков. Ее оборудовал по заданию Каунасского горкома партии комсомолец Ю. А. Алексонис. Подстраиваясь на каунасскую волну, подпольная радиостанция регулярно передавала сводки Совинформбюро, фельетоны, высмеивавшие гитлеровцев и их сообщников, рассказывала о зверствах захватчиков. Оккупанты не могли даже запретить населению слушать эти передачи: они велись на волнах передач фашистского радио. Жители Каунаса называли подпольную радиостанцию «Голосом правды».
Большую помощь подпольщикам и партизанам в политической работе среди населения оказывали ЦК КП(б) Литвы и политические органы Красной Армии.
В феврале 1942 года в Москве было возобновлено издание органа ЦК КП(б) Литвы газеты «Тиеса». В мае политорганами Северо–Западного фронта начали издаваться газета «За Советскую Литву» и листовки на литовском языке. Газеты и листовки сбрасывались на территорию республики с самолётов. Только 16 декабря 1942 года лётчики Северо–Западного фронта распространили по маршруту Шяуляй — Каунас — Утена 245 тысяч газет и листовок[208]. Всего же в 1942 году (главным образом подпольщиками и партизанами) в Литве было распространено 52 издания ЦК КП(б) и ЦК ЛКСМ Литвы в количестве 650 тысяч экземпляров. Кроме того, 489 тысяч экземпляров листовок было выпущено на литовском языке Политуправлением РККА, большая часть которых также была распространена в Литве[209].