Под руководством партийных организаций в городах и деревнях росли антифашистские организации. 6 января 1944 года ЦК КП(б) Литвы принял решение «О создании массовых антифашистских организаций на временно оккупированной территории Литовской ССР». В решении говорилось: «Предложить всем подпольным комитетам КП(б) Литвы усилить работу по созданию массовых (народных) антифашистских организаций и активизации их деятельности, направленной на срыв всех мероприятий оккупантов, проводимых в стране, и использовать их для отрыва тех масс, которые находятся под влиянием националистических и шовинистических организаций»[230].
Исходя из этих задач, укомы партии в начале 1944 года создали новые подпольные антифашистские комитеты и организации: Утенский уком организовал 15, Укмергский—17, Швенченский — 10, Шяуляйский — 5, Кедайнский — 3 антифашистских комитета. Всего в 1944 году в антифашистских организациях, действовавших в Литве, руководимых укомами и горкомами КП(б) Литвы, насчитывалось около 3 тысяч активных антифашистов–подпольщиков.
Особенно хорошо была поставлена работа в антифашистских организациях Вильнюса («Союз освобождения Литвы», «Союз польских патриотов»), В этих организациях боролись против оккупантов около 200 патриотов. Обе организации распространяли листовки, выпускали газету «За вольносць» («За свободу»), организовывали побеги и переправляли к партизанам советских военнопленных, содержавшихся в Антокольском лагере, В тесном контакте с этими организациями продолжали действовать антифашисты вильнюсского гетто. При помощи городских подпольщиков ими был организован побег из гетто 300 человек, которые влились в партизанские отряды.
С 15 по 18 февраля 1944 года в Вильнюсе состоялся съезд организаций «Союза польских патриотов», в котором приняли участие 27 представителей из разных уездов Литвы, а также из Белоруссии (г. Лида). Среди участников съезда были Я. Пшевальский, С. Федецкий, К. Намысловский, В. Борисевич, М. Жеромска, Р. Богданенко и другие поляки–антифашисты.
Съезд разработал практические задачи дальнейшей деятельности «Союза польских патриотов» в Литве. В принятой резолюции отмечалось, что целью организации является вооружённая борьба с фашистскими оккупантами. Резолюция обязала членов союза шире вовлекать население в партизанские отряды и подполье, усиливать срыв работ в сельском хозяйстве, на заводах и железных дорогах.
Особое внимание в резолюции было обращено на необходимость усиления политической работы среди населения по разоблачению польских буржуазных националистов в Литве, действовавших по директивам лондонского польского эмигрантского правительства. Резолюция заклеймила действия вооружённых банд польских националистов, которые установили связь с оккупантами, получали от них оружие, боеприпасы, медикаменты, помогали им уничтожать советских людей, подавлять партизанское движение.
Резолюция заканчивалась поздравлениями создаваемому в СССР Войску Польскому, Красной Армии, Центральному правлению «Союза польских патриотов». Отпечатанная в газете «Штандар вольносци» («Знамя свободы»), резолюция съезда была широко распространена. Она сыграла большую положительную роль в мобилизации польского населения Литвы на борьбу против оккупантов и польских буржуазных националистов.
Но хорошо налаженной деятельности вильнюсского подполья был нанесён тяжёлый удар. В мае 1944 года было арестовано около 130 подпольщиков. Многие из них были расстреляны.
Среди расстрелянных был Я. Пшевальский — коммунист с 1932 года, один из первых организаторов борьбы против фашистских захватчиков в Вильнюсе. Особые заслуги принадлежат Я. Пшевальскому в деле организации подпольной типографии в Вильнюсе, в выпуске листовок и газет. С мая 1943 года Я. Пшевальский работал секретарём Вильнюсского горкома КП(б) Литвы, руководил его агитационной и организационной работой, создавал профсоюзы, организовывал диверсии, подбирал людей в партизанские отряды.
Тяжелой утратой была гибель Г. Глезерите. Шесть лет она провела в тюрьмах в годы буржуазной диктатуры в Литве. В июне 1943 года Г. Глезерите из Москвы была направлена в тыл врага и в течение года прошла пешком многие сотни километров, была в Каунасе, Вильнюсе и в других городах. Всюду она разыскивала оставшихся на оккупированной территории коммунистов и комсомольцев, создавала новые подпольные организации. Г. Глезерите сумела пробраться в еврейские гетто в Каунасе и Вильнюсе, помогла многим патриотам бежать в партизанские отряды. В мае 1944 года гестапо выследило подпольщицу в Вильнюсе. Во время преследования, не желая сдаться, Г. Глезерите застрелилась.
В марте 1944 года гестаповцы напали на след каунасских подпольщиков. В течение трёх недель было арестовано 36 коммунистов и около 30 партизанских связных. Фашистам удалось выследить и убить секретаря городского и уездного комитета партии Ф. Кругликова, члена комитета А. Керснаускаса. 9 мая был арестован секретарь подпольной партийной организации художник Б. Жяконис. На допросе в гестапо он с гордостью заявил: «Да, я коммунист».