Но в том-то и дело, что перенести мощи и оказаться в непосредственной «мистической близости» от своей жертвы Годунов не может. А значит — он обречен в борьбе с Самозванцем, которого породил. Понимая это, изворотливый Шуйский отводит доводы простодушного Патриарха («Не скажут ли, что мы святыню дерзко / В делах мирских орудием творим?») и объявляет, что сам (вместо святых мощей!) явится на площади народной и обнаружит «злой обман бродяги». Ситуация трагикомическая; и Годунов (который во время патриаршей речи от ужаса закрывает лицо платком) на протяжении сцены из фигуры злобно-величественной, трагедийной превращается в фигуру полукомическую. Он «жалок» — ибо в нем «совесть нечиста». Он более не властитель, так как зависит от обстоятельств.
После этого Борису остается одно — умереть. Что он и делает в 20-й сцене («Москва. Царские палаты»), успев пообещать Басманову, что после победы над Самозванцем сожжет «Разрядны книги», уничтожит знать и ум поставит на место рода:
Басманов
Царь
Царство Годунова кровью началось, кровью продолжилось, кровью и завершается: «На троне он сидел и вдруг упал — / Кровь хлынула из уст и из ушей».
Последняя надежда умирающего и готовящегося принять схиму Годунова на то, что хотя бы его смерть устранит моральную дисгармонию и восстановит политическое равновесие. Он лично повинен в смерти Димитрия — и за то ответит перед Богом; но избрание само по себе было законным, следовательно, невинный наследник престола Федор станет править «по праву». Ту же мысль в финале повторит «человек из народа» («Отец был злодей, а детки невинны»); но тщетно: дети одного «лжецаря», Федор и Ксения, будут убиты слугами другого «лжеправителя».
Неоднозначно отношение и к двум главным героям, действующим в истории от первого лица, а значит — несущим полную ответственность за все происходящее. Лжедимитрию Пушкин дает возможность проявиться с разных сторон, ибо в чем-то тот ему импонирует. Борис Годунов монументально-однообразен и неподвижен; он словно оцепенел от ужаса своего положения, пресытился горечью власти и из сцены в сцену, из монолога в монолог варьирует один и тот же набор тем. Его этическая связь со всеми действующими лицами, со всеми событиями, изображаемыми в драме (не исключая тех, что происходят после его «физической» смерти), несомненна; его сюжетная связь с ними очевидна далеко не всегда.
Тут Пушкин резко расходится с жанровой традицией русской политической трагедии: он ставит в центр не антигосударственного злодея (ср. «Димитрия Самозванца» А. П. Сумарокова) и не государственного героя. Но именно злодея — государственного. Это было невозможно до выхода в свет 9—11-го томов «Истории…» Карамзина, где официальные правители Руси, Иван Грозный и Борис Годунов, впервые были изображены негативно. Поставив Бориса Годунова в центр и четко обозначив свое к нему отношение, Пушкин не спешит замкнуть на этот центр всю многофигурную композицию драмы. В результате возникает ощущение большего ее объема — и меньшей сценичности.