Гестапо стало ясно, что необходимо схватить вначале хотя бы одного «пианиста», но его след в Берлине найти не удавалось. Тайной государственной полиции помог установленный на машине мобильный пеленгатор, который и привел «охотников» к искомой цели вдали от Берлина, в пригороде Брюсселя. Гестапо располагало и другими оперативными данными, сопоставление которых, вместе взятых, и помогло выйти на Шульце-Бойзена. Дешифровка пленок с радиосигналами и сведения, выбитые гестаповцами из радиста после его ареста — а это примерно совпало по времени, — были кульминацией в анализе накопленных сведений о деятельности «Красной капеллы».
31 августа 1942 года в служебном кабинете Министерства авиации Шульце-Бойзен был арестован, а за его рабочий стол посадили гестаповца, отвечавшего на телефонные звонки и спрашивавшего, кто звонил и что намеревался сообщить обер-лейтенанту. Гестапо хотело как можно дольше хранить в секрете арест антифашиста. Но Хайльман, увидев в кабинете своего друга неизвестное лицо, догадался, что стоит за этим, и предупредил жену Шульце-Бойзена о необходимости срочно скрыться. Ему удалось спрятать личные бумаги и кое-какие бумаги, касавшиеся арестованного друга. Вот все, что Хайльман успел сделать, так как 5 сентября 1942 года, явившись на службу, он был арестован.
Массовые аресты гестапо произвело в середине сентября. В конце сентября 1942 года число арестованных только в Берлине составило около 70 человек, в конце ноября — уже больше 100.
По распоряжению руководства РСХА делу «Красной капеллы» был придан один из высших грифов секретности: то, что группа немецких патриотов выступила против нацистского режима, мог знать лишь узкий круг людей.
Допросы арестованных следователи проводили в особом режиме. Безжалостное избиение, любые пытки при этом считались допустимыми.
Харро Шульце-Бойзен, как и другие антифашисты, мужественно вел себя в застенках гестапо. По утрам он делал физзарядку, чем выводил из себя своих мучителей…
После приговора Шульце-Бойзен писал своим родителям:
«
В последнем слове обвиняемые заявили, что они действовали сознательно в интересах Германии, стремясь предотвратить неизбежное тяжелое поражение в войне. Будущее страны они связывали с подлинной демократией, социальной справедливостью, миролюбивой политикой и ее международным авторитетом, которые можно было обрести, опираясь прежде всего на СССР. Союз же с западными странами, по их мнению, сулил Германии новое унижение, пострашнее Версальского мирного договора, подписанного Германией после Первой мировой войны. Говорилось также о собственном пути развития послевоенной Германии.
В докладной записке Гиммлеру шеф гестапо Мюллер писал: «Как явствует из протоколов допросов, подсудимые боролись не только против национал-социалистов. В своем мировоззрении они настолько отошли от идеологии Запада, который считали безнадежно больным, что видели спасение человечества только на Востоке».
Когда Гиммлер пришел к Гитлеру с приговором имперского военного суда по делу первых двенадцати осужденных, в том числе Харро и Либертас Шульце-Бойзенов, Арвида Милдред Харнак и других, в котором все приговаривались к смертной казни (кроме Милдред Харнак, осужденной на шесть лет тюрьмы, и графини Эрики фон Брокдорф, получившей десять лет тюремного заключения), Гитлер пришел в бешенство: «И это приговор трибунала людям, недостойным называться немцами?! — заорал он. — Нет, за их деяния — только смерть!»
Со дня первой казни и по октябрь 1943 года гестапо были казнены на виселице тридцать один мужчина и обезглавлены на гильотине восемнадцать женщин. Семь человек покончили с собой во время следствия, семь были отправлены в концлагеря, двадцать пять — на каторгу с различными сроками наказания, восемь — на фронт, несколько человек расстреляны. Но если вожди нацистского режима полагали, что арест ведущих членов «Красной капеллы» поставил точку в немецком Сопротивлении, то они жестоко ошибались. Последующие события подтвердили это. Как признавал в своих мемуарах начальник политической разведки гитлеровского рейха Шелленберг, нацистам так и не удалось добиться полного прекращения борьбы «Красной капеллы».
