В 1603 г. царь Борис Федорович с царицею и детьми ходил на богомолье в Пафнутьев – Боровский монастырь, оттуда приехал в Борисов Городок и присутствовал при освящении церкви.
В 1606 году Борисов Городок был занят Иваном Болотниковым, потом служил опорным пунктом в борьбе с польскими интервентами.
При героической обороне Можайска в 1618 году из Борисова против польско-литовских войск королевича Владислава выступил с отрядом князь Дмитрий Пожарский.
В 1618 году крепость выдержала два приступа войск польского королевича Владислава. В книге «Новый летописец, составленный в царствование Михаила Федоровича[7], изданного по списку князя Оболенского»[8], содержится следующая запись, относящаяся к первой половине XVII века:
«Королевич же изъ Вязьмы пришедъ ста въ Борисове городище, отъ Можайска въ 7 верстахъ, и часто къ Можайску ю его приходаху, и изъ Можайска ратные люди исхождаху бьющися, и со обоих стран во многие бои мнози и падоша; и того ради в Можайску начася от королевских людей бытии великие теснота.
Таже Царь Михайло Федоровичъ боярину Князю Дмитрию Мамстрюковичу поведъ изъ Рузы прийти въ Можайскъ, а Князю Дмитрию Михайловичу в Пафнутиевъ монастырь со всеми ратными людьми… Королевичь же, стоя в Борисовъ городище, многожды покусился городокъ Борисовъ вят и не возможе, понеже зело крепок; воеводамъ тогда в немъ былъ Констеитинъ Ивашкинъ.»
В переводе на современный язык:
«Королевич (Владислав) из Вязьмы пришел и остановился в Борисовом городище, от Можайска в 7 верстах. И часто нападал на Можайск. Ратные люди Можайска с людьми королевича имели бои и было много павших.
Также Царь Михайло Федорович велел боярину Князю Дмитрию Мамстрюковичу прийти из Рузы в Можайск, а Князю Дмитрию Михайловичу в Пафнутьев монастырь.
Королевич же, стоя в Борисовом городище, много раз покушался город Борисов взять и не мог, так как он был очень крепок; воеводой тогда в нем был Константин Ивашкин».
После смерти Бориса Годунова и убийства его сына царский дворец в Борисове Городке и службы очень скоро оказались уничтожены. Борисов городок до 1731 года состоял в ведомстве Можайской воеводской канцелярии, потом его приписали к Верее, а в 1773-м он снова отошел к Можайску.
К 1775 году церковь Бориса и Глеба обвалилась и лишилась креста. Между тем Географический словарь 1788 года сообщает, что она «искусным мастерством представляет царское великолепие. Внутри колокольни (так названа здесь церковь – Т.В.) сделана каменная лестница, по которой до самого верху, где кресту быть, всходить можно»[9].
Вот что писал дореволюционный автор Величков А. Н.[10] в 1880 году:
