29 сентября 1936 года Политбюро ЦК ВКП(б) в ответ на эту телеграмму и по результатам процесса в августе 1936 года принимает директиву «Об отношении к контрреволюционным троцкистско-зиновьевским элементам», подготовленную Л.М. Кагановичем. Её основные положения сводились к следующему:
В сентябре 1936 года Сталин прочитал рапорт военной службы ГПУ, бросающей подозрение на Ягоду в том, что он мягок в репрессиях против троцкистов. 27 сентября Ягода отстраняется от должности наркома внутренних дел и становится наркомом связи вместо снятого с этого поста А. Рыкова. Фактически участь его была предрешена, и перемещение являлось своего рода тактическим ходом.
Нам представляется, что выдвинутое обвинение в телеграмме против Ягоды является чисто формальным поводом. Ведь именно он первоначально загнал троцкистов и других оппозиционеров в ссылку, а затем пустил их по второму кругу через тюрьмы и исправительно-трудовые лагеря. Под его руководством были подготовлены политические процессы в отношении правых и других после гибели Кирова. Поэтому упрёк в адрес Ягоды крайне неубедителен. После подобного обвинения, чтобы удержаться в своём кресле, Ягода вполне мог решить задачу по тотальному разгрому оппозиции, выполнив «пятилетку» в один год. Было бы наивным полагать, что Сталину со Ждановым потребовался козёл отпущения. Между Москвой и Сочи был разыгран политический спектакль с заменой главного действующего лица. Пожаловаться было некому: со Сталиным ему просто не дали связаться.
Дело, очевидно, заключалось в другом. Сталин и его ближайшее окружение вполне отчётливо осознавали ту силу, которую сконцентрировал в своих руках Ягода за годы работы в ведомстве и после того, как стал его главой. Мимо Сталина не прошла и та информация, которой владел Н.И. Ежов, заведуя орготделом ЦК ВКП(б). Кому-кому, а Ежову было достаточно ясно видно, с каким усердием и настойчивостью Ягода повсеместно расставлял на ключевых постах (и не только своего ведомства) нужных ему людей. Ягода стал слишком опасным, и пришло время его убирать с политической арены.
Начиная с конца 1936 года то тут, то там проводятся аресты выдвиженцев Ягоды. Остающиеся на свободе уже под руководством Ежова старательно выполняют секретную инструкцию, разрешавшую НКВД применять пытки к «шпионам, контрреволюционерам, троцкистам и зиновьевцам». Близился и черёд Ягоды.
В апреле 1937 года центральная пресса оповестила граждан страны о том, что:
Следствие по делу Ягоды длилось почти год. На первоначальном этапе следователи пытались связать дело Ягоды с «военно-фашистским заговором в РККА». Но он упорно отрицал показания своих бывших подчинённых, Г.Е. Прокофьева — заместителя наркома внутренних дел и М.И. Гая — начальника особого отдела ГУГБ, подтверждавших его связь с М.Н.Тухачевским, И.П. Уборевичем, Р.П. Эйдманом и другими военачальниками. На следствии Ягода показал: «Личных связей в буквальном смысле слова среди военных у меня не было. Были официальные знакомства. Никого из них я вербовать не пытался…»