Опыт воздушных боев, полученный пилотами 66-го гиап, показал, что на средних высотах Як-3 мог вести бой даже с численно превосходящим противником на самолетах FW.190. Отмечались случаи, когда в ходе длительного боя у Як-3 полностью вырабатывалось горючее и боеприпасы, но противник не решался их преследовать. Вооружение Як-3, несмотря на известные недостатки пушки ШВАК, все же позволяло уверенно пробивать бронезащиту и поражать самолеты неприятеля с дистанции 400 метров из ШВАК и с 200 метров из БСов.
15 сентября 1944 года не вернулся с боевого задания Як-3 № 4112, пилотируемый лейтенантом Гаврилиным, а через два дня — пять Як-3: № 1814 старшего лейтенанта Шмелева, № 3012 лейтенанта Посконина, № 3113 лейтенанта Захарова, № 4513 лейтенанта Жучкина и № 0912 младшего лейтенанта Алешина. Последний был сбит в воздушном бою и упал северо-восточнее Иецава, правда, летчик удачно покинул самолет на парашюте.
23 сентября не вернулись еще две машины № 3313 и № 2513, лейтенантов Мирошниченко и Антонова.
По приказу командира 66-го иап от 22 ноября исключили из боевого состава части самолеты № 2012, 1314 и 2213, пилотировавшиеся майором Головатюком, младшими лейтенантами Шашковым и Беловым.
Применялись Як-3 и для штурмовых ударов. Так, 20 января 1945 года шесть Як-3 66-го гиап во главе с капитаном Кондрашовым дважды атаковал две автоколонны противника на участке Залюли — Озолнгрогс дороги Скрунда — Либава. Удары под углами пикирования 40–60 градусов наносились с высоты 1200 метров с выходом из атаки на 600 метрах. И таких примеров можно привести немало.
23 февраля 1945 года не вернулся из боя старший лейтенант Шмагайло. Его Як-3 № 7527, предположительно подбитый зенитной артиллерией, горящим упал в районе Бунки-Тени. Товарищи Шмагайло поклялись отомстить за смерть пилота, и в тот же день восемь Як-3 встретили 20 FW.190. В итоге было уничтожено шесть немецких машин, из них первого «фоккера» сбил ведущий группы старший лейтенант Шульга и по одному младшие лейтенанты Малахов и Злобин, лейтенант Когут и майор Шевченко.
Сохранились сведения и о движении Як-3 в 66-м гиап. Так, 23 декабря 1944 года из-за отказа мотора потерпел аварию (лейтенант Чистяков) и был списан самолет № 3812, а 29 декабря после поломки сдали в ремонт Як-3 № 4013.
Из 8-го зап 6 января 1945 года прибыли самолеты № 2027, 5027, 7227, 7627, 1828, а 9 февраля и 9 марта — № 7027. 1 апреля поступил Як-3 № 6627. Всех их включили в боевой состав полка.
29 января 1945 года самолет № 7007, пилотируемый младшим лейтенантом Морозихиным, при перелете из Лабарди на аэродром дислокации полка Илакяй потерпел катастрофу в районе Тельшай.
В феврале 1945 года получил повреждения в воздушном бою и 1 марта отправлен в ремонт самолет № 1214.
5 марта 1945 года на самолете № 2323, пилотируемом старшим лейтенантом Замула, при выполнении боевого задания огнем зенитной артиллерии была отбита половина одной лопасти винта и осколками поврежден мотор. От возникшей тряски полопались силовые узлы и трубы подмоторной рамы. Летчик совершил вынужденную посадку на аэродроме Ауцэ. Самолет списан.
19 марта самолет № 5227, пилотируемый младшим лейтенантом Ивановым, при перелете из Мачулищ (Белоруссия) на прифронтовой аэродром Шауляй потерпел катастрофу в полутора километрах южнее г. Ионишкис.
8 апреля самолет № 9627, пилотируемый старшим лейтенантом Когутом, потерпел аварию при облете в районе аэродрома Илакяй.
9 апреля потерпел катастрофу Як-3 подполковника Пустовойта при столкновении на рулежке с другим самолетом. Спустя четыре дня, 13 апреля, потеряли еще один Як-3 — старший лейтенант Злобин потерпел аварию при посадке на аэродром Клоссов.
6 и 15 июля, а также 29 ноября были отправлены в ремонт Як-3 № 2114, 0522 и 3114.
26 апреля Як-3, пилотируемый младшим лейтенантом Нечухаевым, при выполнении тренировочного полета потерпел катастрофу в километре восточнее населенного пункта Квартшен, что в 12 км севернее г. Кострин.
Взамен потерянным машинам 14 мая из 65-го гиап в полк поступили машины № 9633, 3934, 6634, 8534, 8634, 9534, 7635, 8335, а на следующий день — № 2735.
6 июля с завода № 292 прибыл Як-3 № 2628 и был включен в состав полка.
