С 1 марта 2011 г. сервис «Яндекс. Деньги» начал принимать интернет-платежи по банковским картам Visa и MasterCard без комиссии (изначально комиссия за перевод средств с банковской карты в электронный кошелек составляла 3,5 %, потом снизилась до 1,5 %). И клиенты получили возможность платить при нулевом балансе электронного кошелька — необходимые средства списываются с банковской карты, хотя и пройдя предварительно через систему «Яндекс. Деньги». Техническим партнером услуги выступил «Райффайзенбанк». «Идеальный платеж должен быть бесшовным, бесплатным и безналичным», — прокомментировала новацию Евгения Завалишина, генеральный директор «Яндекс. Денег». Возможно, но с экономической точки зрения странно, поскольку эквайринг (обслуживание банковских карт) стоит 2–2,5 %. По всей видимости, в сервисе «Яндекс. Деньги» решили, что с 7,5 млн пользователей можно себе позволить эксперименты на грани рентабельности. Кроме того, любое расширение проекта перед выходом на IPO благотворно влияет на капитализацию компании и, соответственно, цену размещения акций.
C 15 марта 2011 г. платежная система Qiwi (Mail.Ru Group владеет 21,4 % Qiwi) прекратила принимать платежи для пополнения счетов в «Яндекс. Деньгах», а немного погодя и в адрес Delta Key, IntellectMoney, Money Money, MoneyMail, RBK Money, WebCreds, Webtransfer, ZPayment, «Монета. Ру» и «Рамблер-Плюс». То есть 11 платежных систем лишились в одночасье возможности пополнять счета через терминалы Qiwi. На тот момент через терминалы и другие системы приема наличности в электронные платежные системы вводилось до 50 % всех платежей. По одной из версий, отключение сервиса «Яндекс. Деньги» стало ответом Qiwi на запрет со стороны «Яндекс. Денег» своим пользователям переводить деньги в «Qiwi кошелек».
Менее чем через три месяца прервал отношения с сервисом «Яндекс. Деньги» совладелец Qiwi — компания Mail.Ru Group, которая с 1 июня прекратила принимать платежи от «Яндекс. Денег» в качестве оплаты онлайн-игр, приносящих Mail.Ru Group 30 % выручки (около $100 млн). Примерно десятая часть этой суммы оплачивалась игроками через «Яндекс. Деньги». Тем не менее отказник объяснил свое решение экономической целесообразностью. Вице-президент игрового направления Mail.Ru Group Владимир Никольский заявил следующее: «Мы неоднократно обращались в “Яндекс. Деньги” по вопросу снижения комиссии, но каждый раз получали отрицательный ответ».
Заместитель гендиректора «Яндекс. Денег» Наталья Хайтина, возмущенно отметив, что они даже не были уведомлены о расторжении договора, охарактеризовала решение Mail.Ru Group как прием «конкурентной борьбы».
Все становится на свои места, как только мы вспомним, что за Qiwi и Mail.Ru Group стоит Юрий Мильнер, конкурент и антагонист Аркадия Воложа.
В 2012 г. в рамках компании «Яндекс. Деньги» совместно с Visa и MasterCard был запущен проект, в рамках которого средства можно перевести на любую банковскую карту Visa и MasterCard в 25 странах.
И как итог этого выдающегося проекта — или как новая высота — вопрос взгляда: в конце 2012 г. было объявлено о сделке, согласно которой 75 % ООО «ПС «Яндекс. Деньги» покупает Сбербанк РФ за $60 млн, а за «Яндексом» остался блокирующий пакет: 25 % плюс 1 рубль. То есть дочерняя компания «Яндекса» ООО «ПС Яндекс. Деньги» (получившая 27 сентября 2012 г. статус НКО — небанковской кредитной организации) была оценена в $80 млн. Руководителем совместного предприятия была назначена Евгения Завалишина, возглавляющая «Яндекс. Деньги» с 2006 г. В состав совета директоров вошли три представителя Сбербанка (Александр Торбахов, Денис Бугров и Святослав Островский) и два представителя «Яндекса» (Аркадий Волож и Евгения Завалишина).
19 декабря 2012 г. в яндексовском блоге разъяснена ситуация и официальная позиция компании.