В Москве Гашек вступает в члены чешской коммунистической партии которую организовали левые социал-демократы как секцию РКП(б).
В апреле 1918 года руководство чешской коммунистической группы по согласованию с советскими военными организациями направляет писателя в Самару для организационной политической работы среди чехов и словаков, следовавших через этот волжский город в железнодорожных эшелонах на Восток. В Самаре Гашек сплотил чехов, словаков и других славян-военнопленных в коммунистическую организацию и сформировал из них отряд, который с другими частями Красной Армии сражался в Заволжье с белогвардейцами.
25 мая вспыхнул чехословацкий мятеж. В момент захвата Самары контрреволюционерами Гашек перешел на нелегальное положение. Скитаясь по Самарской губернии под видом идиота, сына немецкого колониста из Туркестана (Гашек был мастер на подобные мистификации), он общался с чешскими солдатами и из разговоров с ним выявил характер, размах и многие другие подробности мятежа[11].
В сентябре 1918 года он пробрался в освобожденный Симбирск[12], а оттуда по назначению Реввоенсовета Восточного фронта 15 октября прибыл в Бугульму в распоряжение политотдела
В армии и был назначен агитатором-организатором. Бугульма лишь за несколько дней до его приезда была отбита у белых. В городе укрывшиеся контрреволюционеры вели интенсивную подрывную деятельность. Карательные органы не функционировали, их обязанности выполняла комендатура. На этот боевой ответственный участок был направлен Гашек в качестве помощника коменданта.
В эти дни и в последующие годы пребывания в Красной Армии никто бы не узнал в подтянутом, суровом бойце прежнего насмешника, озорника. Гашек действовал теперь в рядах подлинных революционеров, принадлежал к последовательно революционной партии. Скептицизму здесь не было оснований, его заменил пламенный энтузиазм и безграничная преданность великому делу.
В начале января 1919 года, после занятия Уфы, политотдел V армии решил издавать красноармейскую газету «Наш путь». Она печаталась в одной из типографий города, заведующим которой был назначен Гашек. Писатель быстро наладил регулярный выпуск газеты, у него установились тесные, дружеские отношения с рабочими типографии. Впоследствии при отступлении в марте из Уфы он под обстрелом вступавших в город белых организованно вывел часть рабочих и эвакуировал некоторое оборудование. Типография стала походной. Гашек был в течение нескольких месяцев ее комендантом и секретарем ячейки РКП(б). Он активно сотрудничает в газете «Наш путь», а потом и в заменившем эту газету «Красном стрелке». В этих газетах было напечатано несколько десятков его статей, фельетонов, заметок. Первый же фельетон «Из дневника уфимского буржуя», опубликованный в №3 газеты «Наш путь» от 14 января 1919 года, имел большой успех у красноармейцев. Гашековское остроумие пришлось по вкусу бойцам. В фельетоне был дан колоритный портрет российского купчины — жадного, невежественного, трусливого.
В своих фельетонах Гашек высмеивает спекулянтов, шептунов, распространяющих провокационные слухи, бюрократов, эсеров и меньшевиков. Колчака и его генералов, белогвардейскую печать и, как всегда, ненавистных ему попов во главе с уфимским архиереем Андреем.
В статье, вызванной убийством Карла Либкнехта и Розы Люксембург, звучит пламенный призыв к мщению убийцам. В военном обзоре довольно убедительно разбирается «Стратегическое значение наступления белых», «Политическое положение Сибирского правительства».
Наряду с работой в типографии и газете, Гашек ведет энергичную работу в организации «Иностранной партии коммунистов». На Урале и в Сибири была сосредоточена большая часть интернированных и военнопленных. Война, плен и русская революция политически просветили многих из них. Эти революционно настроенные иностранцы вовлекались теперь Гашеком и другими политработниками в Коммунистическую партию и Красную Армию. В Уфе проводились массовые собрания, митинги, концерты и другие организационные мероприятия для иностранцев. Почти на каждом из них, равно как и на общих красноармейских митингах, Гашек выступал с докладами на различные политические темы. Часто в своих выступлениях он разоблачал только что организованную Лигу Наций, названную им «Лигой убийц». Этой международной организации империалистов он противопоставлял международный штаб революции — III Интернационал.
Особенно интенсивную организационно-политическую работу среди иностранцев Гашек проводит с лета 1919 года, когда после кратковременного отступления Красная Армия погнала Колчака к Уралу. С августа он становится начальником интернационального отделения политотдела. Под его руководством работает целый штат инструкторов различных национальностей: немцев, венгров, сербов и других. Ими организуются интернациональные воинские части, вплоть до дивизии III Интернационала (в 1920 году), интернациональное отделение армейской партийной школы.