Насир смог посетить и восстановленную церковь Воскресения, строительство которой завершилось в 1048 г.; средства на этот проект выделил византийский император Константин IX Мономах. Церковь восхитила путешественника своей красотой, и он, непривычный к фигуративной живописи в местах поклонения, был совершенно очарован иконами и мозаиками, изображавшими Иисуса, пророков и Страшный Суд. Новое здание существенно отличалось от прежнего, возведенного при Константине Великом. Попытки восстановить Мартириум не предпринимались, на месте бывшей базилики валялись груды камней, обломки колонн и куски кладки. Строители возвели церковь вокруг Гроба Господня на уцелевших остатках ротонды, которую слуги аль-Хакима не сумели разрушить до конца, и при этом видоизменили прежний римский мавзолей, добавив к нему верхний ярус и апсиду, соединенную с ротондой величественной аркой (см. схему). Всегда существовавший двор перед церковью расширили, так что он теперь захватывал остатки камня Голгофы, которые находились в его юго-восточном углу; позади Голгофы располагалась часовня Адама. К старому крылу баптистерия были пристроены новые часовни, посвященные святому Иоанну, Троице и святому Иакову, а со стороны Голгофы имелись часовни, посвященные различным эпизодам Страстей Господних.
Насир не ощущал неловкости при посещении новой церкви. Он беспрепятственно вошел внутрь и, очевидно, чувствовал себя как дома среди изображений знакомых пророков, таких как Авраам, Исаак, Иаков и Иисус. Но сами христиане не могли позабыть бед и несчастий предыдущего столетия и по-прежнему воспринимали свое положение как весьма шаткое. В 1055 г., когда строились новые стены Иерусалима, градоначальник потребовал, чтобы христианская община оплатила участок стены в своей части города. Не имея возможности собрать нужную сумму самостоятельно, христиане обратились за помощью к Константину IX, который с радостью ухватился за возможность вмешаться в жизнь Святого города. Последовали переговоры с халифом, и было решено, что Константин выделит деньги на строительство стены при условии, что в этой части Иерусалима будут проживать только христиане. В результате в 1063 г. у христиан Иерусалима появился собственный квартал, закрытый для иноверцев. С наружной стороны его окружала городская стена, начиная от Цитадели при западных воротах и заканчивая северными городскими воротами. Внутри города граница проходила по старой Кардо Максимус до пересечения с городской стеной возле Цитадели. Теперь благодаря Константину IX «четвертая часть Иерусалима не имела иного судьи или господина, кроме Патриарха» (Вильгельм Тирский IX: 18), так что у Византии образовалось нечто вроде протектората – христианский анклав, отделенный от мусульманского города и поддерживаемый иностранной державой. Примерно в то же время в квартале, который стал называться «патриаршим», итальянцы, приехавшие из Амальфи, выстроили на месте странноприимного дома Карла Великого больницу Святого Иоанна Милостивого. Народы Западной Европы вновь пытались вырваться из хаоса Темных веков, и купцы из итальянских городов начали торговать с Востоком. Амальфийцы, сделавшиеся главными торговыми посредниками Фатимидов, легко добились у халифа разрешения на строительство в Иерусалиме итальянского монастыря бенедиктинцев, который принимал на постой паломников из их родного города.