Царь сохранял открытость дипломатии перед Литвой, даже в ущерб отношениям с Коронным сенатом, о чем свидетельствует следственное дело посланника от сената Речи Посполитой (из Короны Польской) Лаврина Дубровы или включение в посольскую документацию секретного письма Григория Остика. Даже объявляя войну Стефану Баторию и готовя удар по литовским замкам в Ливонии, в конце 1576 – начале 1577 г. царь сохранял мирные отношения с Литовской радой. Царь пошел на уступки перед литовскими сенаторами и обязался удовлетворить претензии литовских купцов. Наконец, и это наиболее интересный аспект отношений с новой унией, царь пошел на обсуждение прав и свобод литовской шляхты, гарантий для соблюдения всех неотъемлемых прав, действующих на территории Великого княжества Литовского. Впрочем, говорить о свободе вероисповедания в России не приходилось ни до постановлений Варшавской конфедерации в конце января 1573 г., ни после них. Не согласился царь и на прощение изменников в случае своего избрания на троны Речи Посполитой.
Религиозный фактор унии был весьма значимым и в 1386 г., и в 1569‑м. Почти все русские земли, входившие в орбиту Москвы до Новгорода Великого, не испытывали разногласий по вопросу о вероисповедании. Впрочем, Москва выполняла и крестоносную миссию среди нехристианских народов, чем заслужила себе похвалы европейских путешественников и благодаря чему во многом и была включена в число цивилизованных стран в ренессансной этнографии. С другой стороны, мы обречены переоценивать роль Москвы и московского православия в этом процессе. Христианизация литовских и финских народов долгое время оставалась делом Новгорода и Пскова, нередко совместно с другими русскими землями и Тевтонским орденом. Завоевание Югры, а затем поволжских язычников было, по сути, военным захватом. Впрочем, завоевание Новгорода происходило при методичном подавлении автономии и полномочий новгородской архиепископии, сохранявшейся, как казалось Ивану Грозному, в избытке, и у архиепископа Пимена к началу 1570 г. Если в разделении полномочий царства и священства (Моисея и Аарона) в представлениях царя Ивана нам сегодня видится лишь один из аргументов в борьбе за неограниченную власть, то в условиях расширения религиозных свобод в Великом княжестве Литовском благодаря Виленскому и Гродненскому привилеям в канун Люблинской унии придирчивое внимание к участию попа Сильвестра в политике, ограничение светских прав митрополитов и последовавшие за ними кровавые погромы высшего духовенства и новгородской церкви в годы опричнины могут рассматриваться как ответ на новые перспективы, исходящие из Великого княжества Литовского. Покорение мусульманских земель было сопряжено с волной крестоносных настроений, которые поддерживали не только обычный шляхтич Иван Пересветов и княжеская элита в лице Андрея Курбского, но и царь в официальной переписке с Империей, Святым престолом и Великим княжеством Литовским, и, разумеется, официальная церковь.
Кревская и Люблинская унии объединили земли разных вер в государство, где в конце XIV в. пришлось соблюдать паритет между католицизмом привилегированной коронной шляхты, православием русских земель и язычеством традиционной «собственной Литовской земли» (в терминологии М. К. Любавского). В историографии сложилось два встречно расположенных аналитических направления, которые не всегда достигают между собой точек соприкосновения. С одной стороны, после работы О. П. Бакуса о мотивах перехода литовской знати на московскую службу в XV – начале XVI в. становится ясно, что фактор религиозных притеснений православных литвинов переоценен в московском летописании[1545]. Москва, будучи к концу XV в. престольной для православной митрополии, видела в католической власти Великого княжества Литовского главный козырь для сопротивления, успешно мобилизующего в отношениях русских земель с Ордой. И формула Городельской унии этому взгляду способствовала – принятие русских земель в состав объединения Короны и Литвы означало отказ от княжеской власти, которую православная церковь поддерживала. Вряд ли случайно, что многие из литовских перебежчиков на дворе Ивана III и Василия III были титулованными владетелями.