О Меншикове, сосланном в Березов, довольно быстро забыли. У трона уже были другие фавориты. Ближайшим другом императора стал князь Иван Долгорукий – красивый молодой человек. Он был на семь лет старше Петра II и пользовался безусловным доверием мальчика-царя как более «опытный», «повидавший жизнь» человек. Долгорукий, по своему характеру человек легкомысленный и пустой, был заводилой всех попоек и дерзких проказ, в которые не без успеха втягивал Петра II. Современники с ужасом вспоминали, как бесчинствовал «злодерзкий» фаворит царя, «по ночам в честные дома вскакивал, гость досадный и страшный». Под стать ему был и сам император. Ему не исполнилось и 14 лет, но он уже поражал наблюдателей ростом, физической крепостью и тяжелым характером. «Темперамент желчный и жестокий», упрямый – «стоит на своем, не терпит возражений и делает что хочет», «черты лица его хороши, но взгляд тяжел и, хотя император юн и красив, в нем нет ничего привлекательного или приятного». Так отзывались о Петре II иностранные дипломаты.
Никто не смел перечить царю, как только он освободился от власти Меншикова. Мальчик забросил учебу и с головой погрузился в любимое дело – охоту и травлю зверей. В этом ему особенно потакали Иван Долгорукий и его многочисленные родственники, занявшие первые места при дворе. В начале 1728 года императорский двор, а вслед за ним государственные учреждения, дипломатический корпус и многие дворяне перебрались в Москву. Поначалу говорилось, что поездка предпринята для того, чтобы короновать царя по традициям предков в Успенском соборе Кремля. Прошла пышная церемония коронации, но Петр II, увлеченный охотой в богатых дичью подмосковных лесах, возвращаться в Санкт-Петербург не собирался.
В Москве юный Петр II, увлекаясь только охотой, пропадал месяцами в подмосковных лесах и полях. И это вызывало беспокойство иностранных дипломатов. Многим стало казаться, что Россия возвращается к допетровским временам. Император Петр II быстро мужал, превращаясь в сильного, ловкого молодого человека. Современники отмечали, что характер у него был тяжелый, капризный. Он ни в чем не знал меры и любые советы встречал с неудовольствием. Окружение юного императора, состоявшее из людей недалеких и пустых, поощряло его капризы и охотничьи увлечения. Некоторое время императора сдерживала его старшая сестра Наталья Алексеевна, но в ноябре 1728 года она умерла от скоротечной чахотки. Как точно писал историк С. М. Соловьев, постепенно «император дичал».
Великую княжну Наталью похоронили в усыпальнице московских царей – в Архангельском соборе. Эти и другие факты с неумолимостью говорили, что окружение царя – князья Долгорукие и Голицыны, среди которых выделялся князь Дмитрий Голицын, – не хотят возвращения императора на берега Невы. Нельзя сказать, что было официально сказано об окончании «петербургской эпопеи» в истории России, но люди, стоявшие у трона, старались не вспоминать Петра Великого, не думать о судьбе государства.
Санкт-Петербург оказался покинут двором, дипломатами. Но город не погиб. Он жил своей жизнью. В порту все теснее становилось у причалов – десятки купеческих кораблей под флагами всех стран мира приходили сюда по мирной Балтике. С верховьев Невы непрерывной вереницей плыли тысячи барок с товарами – почти бесплатными дарами России: лесом, железом, пенькой, хлебом, воском и т. д. Делала свои первые шаги и Петербургская академия наук. Открытая в 1725 году, при Екатерине I, она растворила двери для европейских ученых, которые приехали сюда из знаменитых университетов Европы. Среди них были и опытные исследователи, и начинающие: астроном Ж. Н. Делиль, ботаник И. Г. Гмелин, математик Л. Эйлер, историк Г. Ф. Миллер и другие. Они заложили основы науки в России, обучили многих талантливых русских студентов. Продолжались научные экспедиции, начатые раньше.
Бездарный для политиков 1728 год стал знаменательным годом в истории русской науки. В этом году открылась библиотека Академии наук, в новой типографии стали печатать первые научные журналы как по естественным и математическим наукам, так и по гуманитарным. Научные публикации ученые могли печатать в основанном Г. Ф. Миллером журнале «Месячные исторические, генеалогические и географические примечания к Ведомостям». Издание первой и единственной в то время газеты «Санкт-Петербургские ведомости» было продолжено. Словом, Петербург, давший приют науке, мореплаванию, европейской культуре, жил, несмотря на то, что двор перебрался в Москву, а царь был мал и глуп. России уже были нужны наука, знания. Она жила единой жизнью с европейским миром.