Самой страшной считалась чума. Наиболее памятна чума 1770—1772 годов. Ею («прилипчивой горячкой») были охвачены южные районы страны. Но страшнее всего было лето 1770 года, когда чума пришла в Москву, вызвав полный паралич общественной и экономической жизни второй столицы, бегство населения и мятеж черни, который удалось подавить лишь вооруженной рукой. Тогда умирало по тысяче человек в день. Рубашки могильщиков пропитывали дегтем, повсюду жгли смоляные костры. Многие постоянно натирались чесноком и поливались уксусом. Это считалось надежным средством борьбы с моровым поветрием. Но более всего ценились изоляция и окуривание. Как только становилось известно о начале эпидемии, тотчас на дорогах, ведущих к центру страны и столицам, устанавливали противочумные кордоны, через которые проехать никто уже не мог. Донесения, присланные из охваченных болезнью мест, курьеры передавали через костры из можжевельника и других пахучих растений. Письма мыли в воде с уксусом, и тут же писец, держа корреспонденцию на удалении от себя, делал копию, которая далее уже и следовала в столицу. Вот рецепт противочумного порошка, разработанный московским врачом Ягельским: «…Можжевеловых иголок намелко изрубленных, тертого дерева бакаута каждого по 6 фунтов, селитры простой, толченой по 8 фунтов, серы… смолы 2 фунта… смешав все оные снадобья хорошенько будет крепкого курительного порошка пуд». Порошок обладал настолько ядовитым запахом, что от него нередко теряли сознание.
Медицина того времени не ограничивалась окуриванием. Доктор Данило Самойлович – основоположник русской эпидемиологии – предложил своеобразные прививки для медицинского персонала в районах, охваченных чумой: на предплечье накладывалась марля, пропитанная выделениями из бубонов – гнойных шишек. Он же пытался обнаружить с помощью микроскопа «особое и отменное существо» – чумного микроба, написал «Рассуждения о чуме», в которых сказано: «Мы порождаем в сердцах населения страх, который… усиливает опасность болезни… И не лучше ли возбудить в нем бодрость, показав… до какой степени можно противостоять этой страшной болезни…».
Страшной «гостьей» людей XVIII века была также и сибирская язва – заболевание, общее для людей и животных. Особенно страшны были эпидемии 1744, 1745, 1756 годов. Название этой болезни ввел в обиход штаб-лекарь Степан Андреевский, автор сочинения «О сибирской язве», прививший себе болезнь и фиксировавший ее ход до тех пор, пока не потерял сознание. В народе сибирскую язву называли «огненный пупырух».