Его трудолюбие и проницательность, мастерство и огромное количество трудов о планетах, а также исследования траектории движения Луны заслужили ему славу. К сожалению, щедрый покровитель Браге, король Фредерик, умер в 1588 году, и на престол взошел его сын Кристиан IV, мальчик всего четырнадцати лет от роду. Датская знать, завидовавшая привилегиям и пособию Браге, интригами и клеветой постепенно расшатала его позиции при дворе, настроив юного суверена против хозяина Хены и директора обсерватории. Браге был лишен пенсии, его владения были конфискованы, и после многочисленных унижений, причиненных ему дворянами, приближенными к юному королю, он решился покинуть отвергнувшую его неблагодарную родину. В 1597 году он забрал свои инструменты, библиотеку и лично сконструированные им приборы из Ураниборга, погрузил всё на корабль, а затем, вместе со своей женою, пятью детьми, слугами, несколькими ассистентами и учениками, в том числе со своим будущим зятем Тенгнагелем и математиком Лонгомонтанусом, отправился из Копенгагена в Росток — город, в котором прошла часть его буйной юности и где он заполучил свой серебряный нос.
Брошенный таким образом на произвол судьбы, ограниченный в средствах и обремененный множеством обязанностей, он понял, что ему необходим новый могущественный покровитель, и решил просить помощи у императора Рудольфа, чей интерес к наукам стал предметом восхищения всей Европы. Зная пристрастие Рудольфа ко всяческим механическим машинам и химическим экспериментам, Браге посвятил ему свой последний труд о механике астрономии, а также присовокупил к нему несколько работ в области химии. Посвящение это было написано в январе 1598 года, но книга была издана лишь четыре года спустя («Astronomiac instauratae mechanica»). Вместе с манускриптом был также издан составленный им каталог тысячи звезд. Но все эти доказательства научных познаний и достижений едва ли были нужны, ведь германский монарх уже давно был знаком с работами датского астронома и с интересом следил за его карьерой. Император пригласил Браге на Градчаны через своего личного секретаря Барвициуса, пообещав датчанину всё необходимое для дальнейших занятий астрономией, а также большую стипендию и просторные апартаменты для его семьи.
Приглашение Рудольфа было более чем сердечным, особенно если учесть, что Браге имел репутацию астролога и склонность к алхимическим опытам. Подобная практика в те времена в порядке вещей сочеталась с занятиями строгой наукой. Астрологические изыскания прославленного датчанина привели его к мысли, что ужасная эпидемия чумы, поразившая Европу в 1566 году, имела своей причиной движение Юпитера и Сатурна в августе ровно за три года до бедствия. Он предсказал также, что одна знатная дама будет в ближайшее время убита рогатым чудовищем, и спустя год чешская графиня была зверски убита своим мужем-рогоносцем. Он также вычислил, что Фредерик II Датский умрет в 1593 году, а когда тот умер в 1588-м, Браге заявил, что в его расчеты не вкралось никакой ошибки, «просто смерть наступила преждевременно». Астрологические изыскания вместе с тем нисколько не мешали Браге сохранять почти фанатическую веру в Божественное Провидение.
Тихо Браге был помимо прочего практикующим алхимиком, работавшим с тиглями, атанорами и перегонными кубами. Он называл свои занятия «земной астрологией», ведь считалось, что планеты и металлы тесно связаны. Во время своего краткого пребывания в замке своего дяди в Герритцвольде он оборудовал там лабораторию и проводил эксперименты с серебром и золотом. После этого и в Ураниборге в крипте под зданием была сконструирована лаборатория, в которой находилось по крайней мере шестнадцать печей, обеспечивавших нагрев любой силы. Браге никогда не публиковал результатов своих алхимических изысканий, вызывая немалые подозрения у окружающих.
«По своему собственному убеждению, — писал Браге, — и следуя советам посвященных, я не считаю нужным раскрывать секретов Искусства толпе, ибо лишь несколько человек способны воспользоваться его могуществом в благих целях».
Так же как многие врачи были астрологами, астрологи в свою очередь практиковали медицину. Так делал Коперник, и нет ничего удивительного в том, что Браге изобрел собственный Эликсир, который широко продавался как средство от эпидемий, опустошавших тогда Германию. Император, зная о существовании этой драгоценной панацеи, пытался выспросить у Браге секрет ее изготовления. В ответ Браге послал императору длинное письмо с описанием процесса изготовления лекарства, умоляя его сохранить сию формулу в тайне и использовать ее лечебные свойства исключительно в личных целях. Рецепт назывался Венецианской Патокой и состоял из нескольких последовательных химических операций: в получившуюся жидкость добавлялись либо тонко измельченные кораллы, либо сапфиры, либо гиацинты и растворенный жемчуг, но лучше всего — питьевое золото. А чтобы сделать секретное средство панацеей от всех болезней, каковые только могут быть вылечены с помощью лекарств, следовало смешать его с сурьмой.
