Поместья, лишившиеся беев, были включены в собственность государства и стали служилыми. Прочие поместья решили пока оставить в наследственном владении их беков, чтобы не возбуждать излишние страсти.
По примеру российской империи конца 19 века в составе правительства решили сформировать министерства по направлениям деятельности. Скобелев утвердил состав правительства и всех визирей — начальников министерств и ведомств.
Фактически, почти все ранее назначенные заместители Скобелева остались на своих местах. Визирем военного министерства был назначен Алферов Петр Ильич. В его подчинении сформировали гвардию — морскую пехоту из пришельцев во главе с командующим гвардией полковником Рязанским, а также артиллерийский полк под командованием полковника Киселева.
Командующим местными войсками был назначен подполковник Баринов. В состав местной армии вошли формируемый царский полк трех батальонного состава, гарнизоны городов и бейликов, сводные конный и пеший полки из войтов, беков и их ополченцев. Всего примерно 2 тысячи конницы и около 8 тысяч пехоты.
Визирем министерства флота стал, само собой разумеется, Макаров Степан Осипович. В его подчинении было 5 пароходов и парусная флотилия из 12 ладей.
Всей промышленностьюруководил Меллер Валериан Иванович. В министерстве создавались департаменты нефтяной, горнодобывающей, металлургической, металлообрабатывающей, химической и легкой промышленности. Их возглавили ассистенты Гордеев, Проскуров, подпоручик Артемьев, поручик Федынский, фельдфебели Гусев и Зайцев.В министерство в полном составе вошел весь штат артиллерийской ремонтной мастерской со всей материальной базой.
В ведении Воскобойникова Андрея Владимировича остались налоги и финансы. К нему в подчинение перевели квартирмейстера Вятки мичмана Дроздова, мичмана Ганичкина и кондуктора Позднова с Драчуна. Бывший кафтанджи казны Ширвана Алишер-паша с большей частью штата тоже попал в подчинение Воскобойникова.
Визирем министерства внутренних дел стал сделавший головокружительную карьеру бывший унтер-офицер жандармерии Корягин Иван Павлович. Ему поручили сформировать департаменты стражи, уголовной полиции, таможни и каторжных тюрем. В подчинение перевели семерых унтер-офицеров пехоты и двух кондукторов с флота. И весь штат сулак-баши городской стражи Искендер-бека.
Министерством иностранных дел возглавил Николай Николаевич Миклухо-Маклай. Ему достались двое кондукторов с Драчуна и бывший визирь иноземных дел шаха Мухтар-паша.
Визирем министерства коммерции, сельского хозяйства и снабжения стал Рукавишников Илья Захарович. К нему перевели трех унтеров с Драчуна, наняли на эту работу бакинских купцов Рувима, Бахтияра и Джелала.
Вновь сформированное министерство местного самоуправления, юстиции, прошений и челобитных возглавил Грайворонский Остап Иванович. Ему подчинили двух толковых унтеров с флота и бывшего верховного визиря шаха Мелик-пашу с его штатом. В ведении министерства были советы и магистраты городов, суды, включая верховный суд для дворян, связь с эминами и проведение ежегодного съезда эминов городов и бейликов.
Также, было с нуля сформировано министерство здравоохранения и санитарии, визирем которого стал врач клипера мичман Сорокин Виктор Михайлович. Ему подчинили двух фельдшеров с флота и одного фельдшера из пехоты. К нему же перевели часть чиновников дворцового штата Шемахи.
Визирем министерства по делам религий стал ассистент Гурский Максим Семенович. Что интересно, после объявления о равноправии религий в Царстве, две из девяти городских мечетей Шемахи объявили себя зороастрийскими храмами. Ранее в Ширване иноверцы не мусульмане облагались дополнительным налогом.
Верховным визирем — первым советником царя стал Ключевский Василий Осипович. Он же возглавил Диван, совещательный орган при царе, в который вошли все визири.
Академию наук возглавил доцент Кондратьев Николай Павлович. В ее составе выделили отделения геологии, географии и картографии, физики и химии, биологии и растениеводства, этнографии, которые возглавили доцент Климов, доцент Крутов, ассистент Фокин, ассистент Канищев, доцент Хованский.
Тайную канцелярию,которой поручалась разведка, контрразведка, охрана государственно тайны и отслеживание настроений в государстве, подчиненную непосредственно царю, возглавил бывший жандармский поручик Гомельский.
Государственным казначейством, на которое возложили выделение бюджетных ассигнований министерствам и ведомствам, а также контроль за их расходованием, стал руководить бывший титулярный советник Пискунов. Ему передали двух толковых унтеров с флота и часть чиновников Алишер-паши.
Большинство местных чиновников приняли присягу и сохранили свои служебные места. Хотя, в дальнейшем, Диван планировал произвести сокращение штатов по результатам деятельности чиновников.