Из всех деяний Акбара более всего восхищает его религиозная реформа. Имея в виду создание сильной централизованной империи, разумный император справедливо рассудил, что, привлекая иноверцев и уважая их религиозные обычаи, он добьется гораздо большего, нежели подавляя и унижая их. Поэтому в религиозной политике он сделал несколько уступок индусской знати и торгово-ремесленной верхушке, а породнившись с индусскими князьями Раджпутаны, он тем самым заручился их поддержкой. Впервые индусские брахманы стали жить при дворце мусульманского правителя. Более того, при дворе стали официально отмечать индусские праздники, и император разрешил своим индийским женам выполнять свои религиозные обряды и следовать своим обычаям, запретил разрушать храмы и насильственно обращать в чужую религию. В 70-е гг. XVI в. он отменил налог на индусов-паломников, а через год ликвидировал джизию, налог с немусульман. Нетрудно догадаться, что подобная веротерпимость и инакомыслие императора не получили понимания и поддержки у его приближенных мусульман; под их влиянием налог на паломников и джизия были восстановлены и окончательно отменены уже в 80-е гг.
Акбар знакомился также с верованиями джайнов, парсов и христиан. Известно, что император приглашал к себе на ночные беседы о вере джайна Падмасудара, впоследствии написавшего книгу об Акбаре. Благосклонно относился он и к сикхам, которые были при нем сравнительно небольшой торгово-ремесленной сектой. Согласно сикхским преданиям, он беседовал с гуру Рамдасом. По его просьбе к нему прислали из Гоа три миссии иезуитов; руководитель одной из них оставил интересные записки. «Язычники, – как, по словам иезуитов, однажды заметил Акбар, – считают свой закон добром; точно так же считают и сарацины, и христиане. К кому же из них нам следовало бы примкнуть?» Этот вопрос, заданный Акбаром, был вполне уместен, но у отцов-иезуитов он вызвал раздражение, и они сочли его обычным заблуждением атеистов, которые «отказываясь подчинить рассудок вере и не принимая за истину ничего, что не в состоянии постигнуть их слабый разум, довольствуются тем, что подвергают своему несовершенному суждению вещи, далеко выходящие за пределы человеческого разумения».