В январе 1903 г. в Солуни прошел съезд Революционной организации, принявший решение о восстании. Присутствовали 17 делегатов, на деле плохо осведомленных о реальной обстановке на местах. Восстание было назначено на весну текущего года23.
Между тем, серьезное сопротивление противников восстания заставило инициаторов несколько изменить постановление съезда. В итоге, было решено, что «восстание» будет «массовым» только в Битольском революционном округе (он был разделен на семь повстанческих районов), а в остальных округах ограничится лишь акциями четников (то есть - терактами). Сроки восстания отодвигались на несколько месяцев.
Много позже, в 1925 г. новые лидеры ВМРО признают: «Даже Илинденское восстание в 1903 г., самое большое и массовое, не могло рассчитывать само завоевать свободу Македонии, а имело целью принудить общеевропейское общественное мнение и международную дипломатию разрешить македонский вопрос»24. Естественно, такое «восстание» было обречено.
Что говорить о каких-то перспективах восстания, если по некоторым данным, имеющимся по 73 четам в период с 1897 по 1903 гг., только 22,55 % из них были вооружены современным оружием, а остальные устаревшим, уже не применяемым в армии. Только после восстания встал вопрос о перевооружении25.
Восстание началось вечером 20 июля (2 августа, Ильин день) 1903 г. в Битольском вилайете. Повстанцы напали на турецкие части, расположенные в селах и небольших городках, взорвали телеграфные линии и железнодорожные пути. Русское консульство в Битоли доносило в Константинопольское посольство: «Все население с трепетом ждало 20 июля, которое, однако, прошло спокойно, но в ночь на 21-е инсургенты перерезали все телеграфные провода. и банды напали на мусульманские села,.. жители коих пользовались. дурной репутацией. Нападения эти не увенчались особенным успехом. Дороги шоссейные разрушены, мосты взорваны»26.
В Декларации ЦК Революционной организации, врученной дипломатическим агентам великих держав в Софии и опубликованной в печати, были изложены требования повстанцев: автономное правление Македонии, во главе которой должен стоять управляющий-христианин, не служивший в турецкой администрации и независимый от Турции в исполнении своих обязанностей, учреждение международного контроля за проведением реформ.
В сентябре Главный штаб восстания обратился к Болгарии с просьбой о помощи путем прямого военного вмешательства. Болгарское руководство осознавало военную слабость страны и сложность международной обстановки, поэтому никакого ответа на призыв Главного штаба не последовало. Собственно, в Штабе знали, что болгарское правительство не в состоянии прийти на помощь. А потому через два дня после упомянутого обращения Штаб принял решение прекратить восстание27. Но столкновения между повстанцами и турецкими войсками длились еще два с половиной месяца.
В Битольском вилайете за время восстания произошло 150 боевых столкновений между повстанцами и турецкой армией. Погибли 746 четников. В Солунском вилайте -38 столкновений, 109 погибших. В Косовском вилайете - 15 столкновений, 93 убитых. В результате турецких репрессий, только в Битольском вилайете было полностью или частично сожжены 122 села с 8646 домами. Без крова осталось 51 606 человек. Убиты 1779 сельских жителей. Всего же было сожжено более 200 сел, число убитых составляло несколько тысяч, а беженцев - около тридцати тысяч28.
В ноябре 1903 г. Россия и Австро-Венгрия заключили в австрийском Мюрцште-ге соглашение, предусматривавшее расширенную программу реформ для Македонии. Данный проект предполагал прикомандирование сроком на два года двух гражданских агентов из России и Австро-Венгрии к главному турецкому инспектору Хильми-паше, реорганизацию турецкой жандармерии, новое административное деление Македонии, преобразование административных и судебных учреждений в крае и т.д. Осуществление Мюрцштегской программы реформ началось в январе 1904 г., и поначалу были достигнуты некоторые результаты - освобождены политические заключенные, в родные места вернулись до шести тысяч беженцев, частично реформирована жандармерия. Но постепенно местное население стало разочаровываться в реформах из-за низкой эффективности действий органов иностранного контроля и их ограниченных полномочий. В 1905 г. ВМРО начала дискредитировать программу реформ и призвала население к са-ботажу29.
Включению Косово в сферу действия реформ активно противодействовали албанцы, поощряемые Австро-Венгрией. В отношении Старой Сербии Габсбургская монархия строила те же планы, которые сумела осуществить после Берлинского конгресса в Боснии и Герцеговине. Австрийская дипломатия настояла на том, чтобы албанские и старосербские округа были изъяты из Мюрцштегской программы реформ30.