Еще в первые годы изучения HCV-инфекции было установлено, что существует выраженная гетерогенность геномов штаммов HCV, выделенных в разных странах, от разных людей и даже от одного и того же человека.
HCV имеет маленький геном, содержащий один ген, в котором зашифрована структура девяти белков, которые участвуют в следующих процессах: проникновение вируса в клетку; создание и сборка вирусных частиц и переключение на себя некоторых функций клетки. Из этих белков три являются структурными и участвуют в формировании вирусной частицы: шесть выполняют разные ферментативные функции – неструктурные белки. Геном вируса гепатита С представлен одной нитью РНК, которая заключена в капсид, образованный белком (нуклеокапсидный белок), получившим название сердцевинный белок (cor). Именно коровский белок играет важную функцию в сборке вируса, регуляции синтеза вирусной РНК. С ним связано нарушение иммунного ответа инфицированного человека.
Капсид с РНК заключен в оболочку из липидов и белков. Оболочечные белки получили название Е1 и Е2, они образуют комплекс, главными функциями которого являются обеспечение связывания вируса с клеткой и проникновения в нее. РНК вируса, выделенного от разных больных в разных странах, классифицированы на генотипы и несколько десятков субтипов. Генотипы обозначают арабскими цифрами, а субтипы латинскими буквами. Субтипы имеют разную чувствительность к интерферонам, отличаются по степени вызываемой ими виремии и по географическому распространению.
Поначалу разграничивали шесть разных генотипов HCV-инфекции. В последующих классификациях разграничивают 11 генотипов и субтипов HCV. В высокоспециализированных лабораториях удается даже выделить 30 разных субтипов HCV. В классификации Р. Simmonds выделяет шесть генотипов, более 90 субтипов и множественных вариантов вируса (квазивиды). Особенно много субтипов HCV регистрируется в Африке и Юго-Восточной Азии. Это косвенно подтверждает существование HCV в этих регионах уже в течение нескольких столетий. Допускают, что в Европе и Северной Америке HCV появился позже, чему и соответствует существенно меньшее число субтипов. Для клинической практики достаточно разграничивать пять субтипов HCV: 1a, 1b, 2a, 2b, 3a. Установлены существенные географические различия в распространении разных генотипов. Так, в Японии, на Тайване, частично в Китае, регистрируются преимущественно генотипы 1b, 2a, 2b. Тип 1b даже называет «японским». В США преобладает 1a – «американский» генотип. В европейских странах преобладает генотип HCV 1a, в Южной Европе заметно возрастает доля генотипа 1b. В России чаще регистрируется генотип HCV 1b, далее с убывающей частотой – 3a, 1a, 2a, генотип HCV 1b (более 70 % от общего числа случаев) считается наиболее опасным и плохо поддающимся лечению интерфероном. Генотип 1b сочетается с более высоким уровнем виремии и низким ответом на лечение интерфероном альфа. Определение генотипа НСV у больного имеет практическое и прогностическое значение, так как установлено, что лица, инфицированные определенными генотипами НСV, в частности 3-м и 4-м, плохо поддаются лечению реафероном.
К особенности HCV следует отнести редкую среди царства вирусов способность существовать в человеческом организме в виде набора близкородственных, но не полностью идентичных вирусных частиц —
