В начале Второй мировой войны, обеспокоенный уязвимостью тысячелетних исторических документов, составлявших Государственный архив Неаполя, перед бомбардировками союзников, граф Филанджиери получил распоряжение Министерства внутренних дел Италии проследить за перемещением самых старых и ценных из них в безопасное место. Граф Филанджиери упаковал около 30.000 книг и еще 50.000 пергаментов в 866 прочных деревянных ящиков и перевез их на виллу в двадцати милях от Неаполя. Там они оставались нетронутыми на протяжении почти всей войны.
Однако в сентябре 1943 года немцы узнали, что вторжение союзников неизбежно, и дисциплина в их войсках упала. В окрестностях виллы появились небольшие группы немецких солдат, вооруженных автоматами, которые хотели украсть продукты или какие-либо ценности, а также пограбить общественные здания и частные дома. (Днем 28 сентября одна из таких групп, состоявшая из трех рядовых, явилась на виллу и нашла не телят, которыми солдаты хотели поживиться, а 866 деревянных ящиков. Им объяснили, что в ящиках находятся документы, представляющие исключительно научный интерес, и солдаты ушли.
На следующее утро появился немецкий офицер и приказал открыть один из ящиков. Директор хранилища подошел к офицеру и рассказал ему о содержимом ящика, убеждая его в том, что коллекция не имеет отношения к текущим военным действиям и подчеркнув в то же время ее важность для исторических исследований. Офицер, видимо, удовлетворенный этим объяснением, сказал: "Хорошо", и ушел.
Граф Филанджиери, живший неподалеку, хотя и не испытывал серьезных опасений, написал письмо местному немецкому командиру, в котором еще раз подчеркнул чисто научный характер документов. Это письмо было доставлено на виллу на следующее утро, 30 сентября, как раз в тот момент, когда прибыл еще один отряд солдат из трех человек, на этот раз с зажигательными средствами. Директор попытался зачитать им письмо, но один из немцев отбросил его в сторону с криком: "Командир все знает, и приказал сжечь". Затем солдаты разбросали солому по всей вилле и полив бензином подожгли ее. Коллекция сгорела за считанные минуты. Сотрудники героически пытались спасти несколько картонных коробок, но по большей части все было уничтожено, включая то, что осталось от документов XIII века, времен правления Фридриха II, известного как "Чудо света", одного из величайших германских императоров.
Граф Филанджиери писал об этом трагическом эпизоде: "Их [документов] уничтожение создало огромную пустоту в исторических источниках европейской цивилизации, пустоту, которую ничто и никогда не сможет заполнить". Первым среди самых ценных утраченных документов граф назвал 378 реестров Анжуйской канцелярии, охватывающих 1265–1435 годы — хроники, относящиеся к правлению Иоанны. Погибли записи о том, что ела и носила королева, указы, которые она издавала, письма, которые она писала, деньги, которые она получала и тратила, — все инструменты, необходимые биографу, чтобы воссоздать жизнь, прожитую в давно минувшем прошлом, были бездумно, варварски уничтожены.
Вот тут-то и появляется скромный герой, но тем не менее герой, Эмиль-Гийом Леонар (