Объединив две короны Иберийского полуострова (Португалия осталась в стороне), Католические короли создали благоприятные условия для объединения, процветания, могущества Испании и распространения ее влияния в мире. Они оздоровили экономику, реорганизовали государство, завершили Реконкисту, отняв у арабов Гранаду, и подготовили почву для экспансии в Новом Свете и Европе.
12 октября 1504 года, чувствуя близкий конец, она составила завещание, в котором поручила трон, «как королева-хозяйка», Хуане и ее мужу. К этому она добавила много советов по безопасности, не забыв уточнить, что в случае неспособности или смерти регентство возвратится к ее мужу Фердинанду – и так до совершеннолетия своего внука Карлоса.
Я причиняла неисчислимые бедствия, я уничтожала целые провинции и королевства, но я делала это из любви к Господу нашему и Святой Матери Его.
Изабелла умерла 26 ноября 1504 года в возрасте 53 лет после тридцати лет правления. Согласно ее пожеланиям, она была похоронена в Гранаде 18 декабря с большой торжественностью и проявлениями скорби.
